在追赶一批盗窃警察军火库的反抗组织时，露易丝遭到霹雳党的夹击，机械战警墨菲收到求助放弃追击，不顾命令掉头支援。墨菲违抗命令引起OCP的不满，下令删除“影响机器运作”的记忆、去除“不必要”的思维与情感并改派到改建队，但一直陪伴他的女研究员为了保留其“人性”，并未执行。同时日本方面为执行拆迁计划派出机械特工忍者雄志，改建队也通过了反抗者中的叛徒获取了基地位置。
墨菲因看到妮科回忆起自己的儿子自己的家，和露易丝一起去查看教堂，结果被改建队袭击，露易丝不幸身亡，墨菲也被改建队头目的枪榴弹给重伤，被反抗者所信任并带走。
妮科找到拉瑟斯博士(女研究员)，带着维修设备来到基地，墨菲被整修，并因某种原因删除了OCP的后门——第四条指令:不得伤害OCP人员。墨菲为了履行对露易丝的承诺，于是一整修完毕就跑去找改建队。
因为叛徒，反抗组织的藏身处被改建队突破。改建队要求已属于OCP的警察们一起去拆房子，愤怒的警长和警员们摘掉胸章，与反抗者们一起守护自己的家园，女研究员也在妮科帮助下通过非法广播让市民知道所谓“友好迁移”的真相。回到一片狼藉的基地的墨菲与雄志“大”战了一场，手臂被削断导致能源不足，只好装备武装器械和实验型飞行器(同时也是备用电源)，帮助人们打败改建队和其招募的罪犯们后赶往OCP总部大楼。在大楼里又见到了雄志的俩复制体，妮科对忍者的系统进行了修改，使俩忍者同归于尽。在大楼爆炸的前几秒，墨菲带着两人逃出大楼。
金光到达现场后，停止了对OCP的投资，并向机械警察深深地鞠了一躬。