抗日战争最艰苦的时期，为粉碎鬼子的又一次大规模“扫荡”，我根据地派出关力雄连长带领一小分队到敌“治安区”去炸毁日军的军火库。
他们穿山越岭，冒生命危险穿过敌人封锁线，与日军激战，牺牲了几名战士的生命，炸开火药库，不料，里面竟然是空的．显然敌人早有准备，而小分队却陷入了敌人的包围。
在兵临绝境之时，突然有一支“国军”队伍在日军侧面开火，救了他们。 虽说是国共合作时期，关力雄还是第一次见到国军，他仔细观察着，只见“国军”人数不多，装备精良。小分队这边有说有笑，“国军”却一言不发。“国军”的队长拿着一包压缩饼干走过来，笑着自我介绍说自己是王队长，带队到敌后执行任务，被日军切断了后路，无法返回，要求关连长带他们穿过八路军的根据地。
关连长不了解对方的底细，为了根据地的安全，坚持不带他们过根据地。王队长愤怒地带“国军”小分队冒险过雷区，关连长亲眼看几个“国军”随地雷爆炸声倒在血泊中。经战士们说情，关连长收缴了他们的武器后带他们进入我根据地。
在发现送“国军”的战士及站岗的儿童团员被杀，结合鬼子大兵压境却迟迟不开始“扫荡”和最近出现奇怪的电台信号，锄奸部的杨部长断定敌人有大阴谋。杨部长不动声色，在卫生员李梅给他换药时向大家布置了在“香阁寺”召开重要会议的任务。
战士李东才无意中发现了与自己要好的卫生员李梅会后在一个破砖窑里发电报，原来李梅是打进内部的日本特务，真名叫田中美子，而那“国军”小分队是日本鬼子伪装的，领队叫龟田，他们的目的是来刺杀根据地的首长。 抓获了女特务，关连长带人急忙去追赶鬼子小分队，他们抄近路设下埋伏圈。 龟田带人冒死冲进香阁寺，却发现里面只有一个战士郭小宝在模仿首长讲话，而他们已被关连长带兵团团包围，鬼子如困兽在垂死挣扎。
香阁寺的战斗在激烈地进行着，与此同时，根据地的重要会议正在别处举行。
《截杀香阁寺》是王彪、刘翰珉导演，周杰、王佳宁主演的一部对敌袭击时，敌渗透到根据地，并企图刺杀根据地首长的抗战题材电影。
