千统大人雷一笑表面上是清廷命官，实际上是义和拳余孽雷飞。邪教义和拳靠向东洋贩卖妇女所得的非法收入购置枪支弹药，与朝廷作对。朝廷在香港码头抓捕三名义和拳首脑，恰巧黄飞鸿在此坐船准备回广州，在黄飞鸿的帮助下，三名邪教首脑悉数入网。
徒弟众多场地有限，使得黄飞鸿的宝芝林显得狭小局促。黄飞鸿令梁宽和阿苏两名徒弟在省城寻找一处便宜的房产以便开新馆。一直仰慕黄飞鸿绝世武功的商人黄狮虎将一座巨大的院落低价租给了黄飞鸿，这让黄飞鸿十分高兴。但就在宝芝林开业当天，黄飞鸿才发现黄狮虎在隔壁开了一家名为香芝馆的妓院。这一下徒弟们都没了心思练功，整日与隔壁的姑娘眉来眼去，无奈下黄飞鸿决定再觅新址。近日，许多孩子因为服用了国外公司生产的营养液导致失聪，黄飞鸿对此毫无办法。为了体验失聪的全过程，找到解药，黄飞鸿不惜牺牲自己，亲自尝试营养液。很快，黄飞鸿的听力大不如从前，这让他十分苦恼，也更加促使他找到解药。
四川的燕儿和父亲经历两年时间追踪义和拳来到广东，燕儿的妹妹就是被义和拳的人掳走的。燕儿发现城外能仁寺的和尚形迹可疑，便和父亲偷偷潜入寺中。他们发现这里正是义和拳的一个秘密聚点，很多姑娘被关在这里。能仁寺的主持是邪教成员，出乎意料的是，新上任的千总大人雷一笑竟然也和他们勾结在一起。在准备离开时，雷一笑发现了燕儿，他抓住了燕儿的父亲，燕儿自己则身负重伤侥幸逃离。燕儿想求助于黄飞鸿，却迷迷糊糊闯入了香芝馆。
为了立功得到黄飞鸿的赏识进而成为他的徒弟，黄狮虎在梁宽和阿苏的劝说下决定到能仁寺一探究竟。他带着妹妹九姑娘等人来到能仁寺假意上香，僧人要九姑娘在寺院中居住一晚便可求得姻缘。深夜九姑娘被和尚掳走，梁宽等人根本不是主持的对手，幸好黄飞鸿收到消息及时赶来，救出了九姑娘。燕儿发现不知情的黄飞鸿竟和雷一笑谈论此事，认定黄飞鸿有问题，便救出父亲两人不辞而别。
黄飞鸿被雷一笑带到官府，由于遭到能仁寺的状告，早已被雷一笑买通的知府要将黄飞鸿收押。幸好得到四大商会的联保，黄飞鸿躲过了这场牢狱之灾。在之后的庙会活动上，黄飞鸿的舞狮第一次败在了由雷一笑带队的蜈蚣下，这给黄飞鸿极大的打击。官府对于能仁寺的事情并未罢手，为了不连累徒弟们，黄飞鸿决定离开，回到佛山暂避一段时间，顺便把耳聋治好。
在郊外黄飞鸿遇到了在此安身的燕儿父女，在他们的帮助下，黄飞鸿逐渐恢复了听力。雷一笑听说黄飞鸿并没有离开，便派人追踪至燕儿家准备趁他耳聋之际灭口。但几个喽啰哪里是黄飞鸿的对手，很快便成为手下败将。身体恢复了，黄飞鸿要回去救出被困妇女主持公道。通过对蜈蚣的克星——公鸡的观察，黄飞鸿自悟出一套拳法。他另辟蹊径，用此拳法打败了雷一笑和他的蜈蚣阵，捣毁了邪教，在当地被奉为一段佳话。