经过长时间的飞行，蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver 饰）搭乘的飞船并没有飞回地球！飞船返航途中发生意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船，掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外，只有蕾普莉一人生还。 这里是地球的一个外星废弃矿井，现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来，这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。
在《异形2》的结尾，女主角蕾普莉成功逃脱了异形的追杀，但不幸的是，她在逃生过程中被一只异形幼体寄生。虽然蕾普莉在《异形2》的最后阶段试图通过自我拯救的方式将异形幼体从体内取出，但并未完全成功。寄生异形在蕾普莉体内继续生长，并逐渐成熟。
因此，当《异形3》的故事开始时，蕾普莉体内已经有一只成熟的异形。这也成为了该部电影的主要情节之一，蕾普莉必须面对自己体内异形所带来的种种困扰和危险。同时，这也为电影带来了更多的紧张感和惊悚元素，使得观众更加期待蕾普莉如何摆脱困境，并战胜体内的异形。
总的来说，《异形3》中女主角体内有异形的原因是因为她在前一部电影中被异形寄生，而寄生异形在蕾普莉体内继续生长并成熟，成为了该部电影的主要情节之一。