在电影《非常小特务3》中，故事主要围绕着姐弟俩展开，他们面对的是时间大盗这一新的邪恶势力。时间大盗企图通过操控时间来达到其邪恶的目的，这使得姐弟俩陷入了前所未有的困境。然而，他们并没有放弃，而是凭借着自己的智慧和勇气，与时间大盗展开了一场激烈的较量。
在决战的过程中，姐弟俩充分发挥了他们的特长和之前训练得到的技能。他们利用高科技装备，与时间大盗的手下展开了一场惊心动魄的追逐战。同时，他们还通过破解时间大盗设下的重重陷阱，逐步接近了时间大盗的核心基地。
最终，姐弟俩在关键时刻成功打败了时间大盗，解救了被囚禁的父母。他们的父母在之前的冒险中被时间大盗抓走，这次团聚让他们倍感珍惜。一家人紧紧相拥在一起，感受着彼此的爱和温暖。
这个结局不仅体现了姐弟俩的勇敢和智慧，也传递了家庭团聚的重要性和亲情的力量。它告诉观众，无论面对多大的困难和挑战，只要有爱和勇气，就一定能够战胜一切。
《非常小特务3》是由罗伯特·罗德里格兹自编自导的动作奇幻类电影，阿丽夏·维加、达里尔·沙巴拉领衔主演。于2003年7月25日在美国上映。1故事讲述了科学狂人和荒岛惊魂后，这回天才特工小姐弟必须面对的，是解救全世界孩子的任务和一个庞大危险疯狂的虚拟游戏。