EP01
皮特麦卡以及史蒂夫阿迪纷纷回到仓库中帮助克劳迪亚战胜巴拉塞尔士，然而他控制了克劳迪亚的身体，最后更是通过HG的时间机器彻底改变了历史。五人追踪着巴拉塞尔士来到改变历史后的13号仓库时代，发现科学狂人巴拉塞尔士掌控下的13号仓库虽然科技先进了许多，但他残忍利用人体实（仓库）验和各种藏物巩固自己的统治，更复活了在埃及大火中丧生的前董事沃尔达成为他的爪牙。阿迪给了每人一件凡尔赛宫殿中的银器保持探员们不在时间线的变更上不被抹去，麦卡皮特在其他三人的协助下回到9号仓库时代，他们遇到了文艺复兴时期的探员，并在对方的协助下，成功阻止了巴拉塞尔士改变历史。然而巴拉塞尔士虽然被铜化了，沃尔达因为偷了一件阿迪的银器而使自己避免了消失。
EP02
皮特和麦卡来到华盛顿特区执行任务，这里相继发生成年人在陆地环境中被淹死的离奇死亡案件。二人在这里巧遇同样来调查案件的特勤局的前同事，二位同事反常的表现引起了他们的怀疑。另一方面，克劳迪亚坚持要了解有关姐姐克莱尔的真相，阿迪带着她进入自己的回忆世界，原来克莱尔受藏物影响，体内吸收了巨大能量，克劳迪亚的父母更因此在事故中死亡，由于藏物被毁无法中和，阿迪多年来绞尽脑汁也找不出解救克莱尔的办法，迫于无奈只得让她一直沉睡，并对克劳迪亚隐瞒了克莱尔的存在。
EP03
自从克劳迪亚得知克莱尔的存在后，一心想要解救克莱尔，她想出主意将克莱尔体内的能量传入藏物中，然而那股能量需要的是人体宿主，更因此影响到了麦卡。克莱尔不愿眼睁睁看着悲剧发生，因此选择了再度沉睡，克劳迪亚向姐姐承诺，她一定会找到解救克莱尔的办法。而皮特和史蒂夫则来到一场文艺复兴集会，集会现场屡发事故，原来是塔罗牌向一位没有自信的年轻人发起的英雄挑战。
EP04
皮特的前女友凯莉向皮特求助，她寡居的奶奶突然失踪了，而家里的电视机正在闪着奇异的光，并在自动播放奶奶很痴迷但却已经宣布结束的西语电视剧。皮特和麦卡前来调查，却发现奶奶成为了剧中的一员，并且凯莉和麦卡也被吸入了电视机中，成为了其中的卡司却不自知。万般无奈的皮特只得请求阿迪的协助，阿迪带着能使人抽离角色的藏物赶到现场，一伙人用西语在电视剧中开始了谈情说案。而克劳迪亚和史蒂夫则去了大学校园调查另一单牵涉大学兄弟会的案件：该兄弟会的负责人手握一件藏物，能将另一个人格从人体中分离出，正直青年史蒂夫不幸中招，他身体里娘gay的一部分被分离了出来，引得笑料百出。
EP05
沃尔达入侵了克莱尔的意识，利用了克莱尔的力量，他利用自己董事的身份，盗走了三件能改变仓库定位的藏物，意图终结13号仓库，把14号仓库建立在中国。经过一番斗争后，大伙儿终于阻止了仓库的搬迁，沃尔达也被皮特利用巧计抹去存在，克莱尔也脱离了危险，终于恢复了正常人的生活。
EP06
大伙儿围坐在亚瑟王的圆桌前，观看着储存起的被克劳迪亚称为比3D iMax效果还要好的探员的决定时刻。F夫人告诉大家，圆桌就是仓库的时间仓，F夫人要求大家在今晚献出自己的记忆。仓库的即将完结引起了大家的伤感，皮特情绪激动地反对，克劳迪亚意识到自己并不想成为守护者，她想做一个有趣的探员，阿迪鼓励她为自己而活，史蒂夫也有些低落，因为他认为自己并未真正的属于仓库…在最后告别的时刻，大家一起重温着仓库带给所有人的快乐与感动，共同展望全新的人生。Goodbye,warehouse13.（全剧终）
PS：EP=Episode，美剧中的“集”本意是插曲、插话，或者指“一段情节”。美剧中一般用 episode 表示 “一集”。
Artie为了找回被潘多拉魔盒中的希望，拯救人间以及仓库的探员们，使用星盘让时间倒转24小时。不久之后Claudia也使用节拍器复活了Steve。至此，仓库在经历多次灾难后恢复了暂时的平静，但是使用艺术品的副作用正在慢慢体现，暗藏危机。因为使用星盘，Artie屡次遭到Adrian教友的阻挠和威胁，加之噩梦的困扰，Artie变得越来越多疑敏感。当众人终于追踪到Adrian教友的下落，才发现原来真正的恶魔就是人格分裂的Artie。但是Pete等人未能及时阻止Artie，被心中恶魔击败的Artie不仅杀死了Lena，还释放了花瓶中的致命病毒。为了寻找病毒的解药，仓库的探员们结识了Sutton一家人，没想到Sutton一家竟已经活了好几百年，也打着仓库的主意。Sutton的儿子Nick顺利打入仓库内部，释放了被青铜化的炼金术师Paracelsus。不料Paracelsus另有打算，企图作回仓库看管人。情急之下，Claudia接替F女士成为第十三号仓库新一代看管人，欲与Paracelsus一决高下……
