据国外通讯社报道，境外两大毒枭在我边境附近火并，大毒枭岩嘎的养女白妹抢走一批高纯度的海洛因潜入我边陲南江市。老侦察员章鹏奉命赶往南江市侦破此案。
南江市有个老实巴交名叫杨二的老人，他五岁的小女儿不幸于二十年前被人拐走。在二十年寻找女儿的过程中，他得到许多公安干警的帮助，许多人都成了他的好朋友，章鹏就是其中之一。
白妹的身份是杰克逊夜总会的总经理，与董事长贺老大在这儿暗地里贩卖毒品。杨二的妻子在贺老大家帮佣，杨二前去看望，白妹见他老实本分，直觉让他出去办事不会引人注意，便留下他帮忙。
白妹利用杨二运送毒品，说如不同意就杀了他的妻子，杨二忍痛答应。白妹、贺老大和杨二在开往省城的同一列火车里。章鹏带领武警也在这列车里。 杨二趁与人交换箱子时，毅然拎起装毒品的箱子跑到章鹏与白妹所在的车厢。车厢内立即展开了一场大战，毒贩子与警察大战，贺老大被击毙，众毒贩被制服。
白妹见势不好，用刀挟持杨二为人质，企图逃跑。这时章鹏告诉白妹，杨二就是他的生身之父，杨二恳求章鹏不要开枪。一个躺在地上的毒贩向杨二开枪，紧急中，白妹拉开杨二，自己却中弹倒下，她看着杨二，轻轻唤了声“爸爸”昏迷过去。
杨二觉得今天是他二十年来最特别的日子。
《孽海恩怨》是由徐小健执导的剧情片，张鸿、李修贤参加演出。《孽海恩怨》讲述了两个人联手的警察在侦查案件时发现罪犯居然是自己亲人而不知道该如何抉择的故事。
