公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”（并非“信息化的存在”）。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。
故事发生在2030年的日本，战争的阴霾尚未散去，世界格局因第四次世界大战而发生了深刻的变化。难民潮汹涌而来，填补了因经济发展带来的劳动力缺口，但同时也带来新的挑战。在这个动荡的时期，一个名为“个别的十一人”的恐怖组织悄然崛起，他们对难民营、外国领事馆甚至国家领导人展开了无情的袭击，局势变得日益紧张。
在这个背景下，难民抵抗运动的新领导者，一个曾是“个别的十一人”成员的神秘人物，成为了关键焦点。九课，这个专门处理棘手案件的机构，正在拼尽全力收集线索，试图揭示隐藏在恐怖活动背后的真相。他们的调查揭示出一个惊人的事实：有一个幕后黑手在阴影中操控着一切，策划着更为深远的阴谋。九课是否能成功揭示真相，阻止灾难性的内战，成为了整个国家的悬念。
扩展资料
这一次的《攻壳机动队S.A.C. 2nd GIG：Individual Eleven》以TV版第二季26话的主轴“个别的十一人事件”为中心进行了情节的再构筑，并添加了新作的片段以及全新的场面 ，成为了全新的“个别的十一人事件”，是一个可以夸口毫不比剧场版逊色的特别篇。