2032年，也就是第一部故事的三年之后。光电、纳米、机械、生物、网络依然迅猛发展，唯有人类的安危更值得关注。
自从人脑可经连线直接接入网络，这种尖端科技带来生活质量提升的同时，伴随着的负面效应越来越危急可怕。网络犯罪只是其中孳生出的一个不可校正的怪胎。为了应对这种不断制造事端的阴暗势力，以保护国家要人、揭发贪污渎职、执行秘密暗杀行动、对付电脑犯罪和恐怖主义活动为目的，具备超强攻击能力的机动部队公安九课俗称“攻壳机动队”，再度出击，并担负着愈发沉重的责任。而这其中，公安九课的刑警巴特（大冢明夫配音）作为主力干将依旧充当着急先锋的角色。
巴特是个半机械人，除去大脑中些微的人类痕迹以外，他身体的绝大部分都是由人造机械组成，而这并不妨碍他以一颗正义之心维护网际社会的正常秩序。某日，一个女性玩偶型机器人突然不受控制，杀死了自己的主人。这一违背常伦的凶杀案包含着人类与玩偶间不容忽视的矛盾基因，巴特及其搭档在历经了犯罪集团的劫杀、电脑黑客的攻击、政府官僚的阻挠等等困难后逐步接近了一个不为人知的犯罪漩涡之中，那摇摆不定的真相仿佛就在眼前 。
场景方面，在《攻壳机动队2：无罪》中有大量2D、3D结合的场景呈现，即使以今天的标准来评价几乎也毫无瑕疵，并且这种结合为电影展现未来城市、建筑、市场等大场景提供了一种梦幻般的审美风格，简直可以称为视觉享受——
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
这样的画面不要说2004年，即使从2019年的现在来看，也很少有普通剧场版动画能够达到这种水准：华丽至极、唯美而又诡异至极，打造了独具一格的审美标准。
造型方面更是形成了诡异的美感。我们不难从玩偶机器人身上感受到「恐怖谷效应」的存在，这种设计造就的视觉冲击巨大，扎根于东瀛文化的外形更是令人过目不忘。相信我们都会承认对这样的画面感到一丝恐惧，而这种恐惧思想的起源，反而成为电影内涵本身灵与肉哲学思考的一种补充：
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
《攻壳机动队：无罪》：押井守封神，十年后画面仍惊艳的科幻哲学
说一句更为激进的话，或许就连Netflix近期大热的《爱、死亡、机器人》也未必能在视觉审美层面超出《攻壳机动队2：无罪》。
《攻壳机动队2：无罪》视觉层面的造诣如此之高，一大原因是这种追求并非是单纯的炫技，而是达成了一种利用「氛围」强化叙事和主题的效果。这些阴冷的玩偶机器人、庞大而又冷清的未来都市、东方风格极强的街市整体形成的风格强烈到令人深陷其中，在这种风格无比明确的世界之中，我们也能体会到故事与画面的贴合性。
从剧情上来说，《攻壳机动队2：无罪》相比前作更为任性，几乎完全没有考虑门槛之外观众的心情。押井守不厌其烦地重复名著引用，又在电影后半段加入了思维迷宫的循环场景，形成了这种堪称梦魇一般的体验。
在《攻壳机动队2：无罪》中，玩偶机器人伤人事件是剧情的发动机。玩偶机器人被注入了人类的心灵，人类的身体则不停地改造被机器取代甚至替换成全机器存在——那么，身体完全机器化的人类，和有着人类思维的机器人，他们之间是否已经没有区别了？
