保护了总统的生命安全后，两位FBI特工Myka和Peter发现自己突然被“提拔升官”到南达科他州，一个顶级机密的地点被叫做Warehousemeijubar.net13，这个地方原来是个巨大的仓库，而仓库内保存的东西都是一些非常奇特的人造物品，这些物品都是被美国政府从各地收集而来，而这两位特工的新工作就是找回遗失的物品，并寻找新的物品。
Myka和Pete在第13号仓库工作3年了，3年里有人来也有人走，大家都经历了许多考验。Myka离开之后，Steve成为了Pete的临时搭档，并逐步融入仓库大家庭；不久Myka也回心转意回到仓库；H.G. Wells竟成了得力的帮手。随着仓库大家庭队伍的壮大，收服艺术品的工作还算顺利。却不曾想到，还有别人打着这些艺术品的主意。Walter Sykes从小瘫痪一直渴望行走，因为意外得到科洛迪手链，借助艺术品的力量重新站了起来。不料手镯侵蚀了他的内心，Walter成了欲壑难填的魔鬼。由于Walter的步步紧逼，Pete发现自己的母亲居然就是执法者，而Steve因为一时冲动被开除，临危受命背着大家做起了敌人的卧底。不知情的Pete等人，又要面对敌人的进攻和上层的压力，还要面对战友的背叛，仓库遭遇了前所未有的危机。
最终，Walter Sykes不仅杀害了Steve，并步步为营炸毁了仓库，所有的艺术品付之一炬，H.G. Wells为了保护大家而牺牲，Frederic女士也死去。看着被夷为平地的仓库，Artie却掏出一个怀表……
第13号仓库的命运是否会就此改变？是否还能再见到Steve、H.G. Wells和Frederic女士？今年又会有谁与仓库扯上不解之缘？
在后续剧情中，能俱乐部的成员追踪控制天气的神器，杰西引发风暴并抢劫银行。他们试图说服杰西放弃威胁，但杰西为移植哥哥罗尼的心脏而陷入困境。Claudia和Pete分散杰西的注意力，但Myka揭示手术无法进行，杰西决定独自面对挑战。调查中，团队揭示了音乐家的痛苦和大理石导致的暴力。Myka和Jinks尝试帮助音乐家阮经天，而Pete在锅炉房与校长的冲突中遇到难题。
《仓库笔记》中，Artie受到威胁，Pete和Myka发现迈克可能被操控，他们调查神秘物品。Myka怀孕后，线索指向Judy祖父的湖景房，神器影响了迈克。爱丽丝从镜子逃脱，引发新的危机。Artie意识到Vanessa的危险，团队面临分裂。第7集揭示文物和嫌疑人之间的联系，但隐藏的阴谋仍未彻底揭示。
帕姆为了守护秘密牺牲工作，Artie寻求父亲的帮助，神器拥有穿越位置的能力。团队在仓库与HG威尔斯会面，讨论神秘匕首和线索。Pete和Myka调查Siskel，发现工厂与疾病和Cody的背景有关。在一系列事件中，Artie和Claudia面临危险，但他们继续行动。弗雷德里克夫人和Jinks寻求梵蒂冈的帮助，皮特发现阿曼达纹身可能与核弹有关。
阿曼达收到神秘盒子，意识到接触的危险。皮特发现古老线索引发爆炸，而Tracy的回归带来转折。Artie的精神状态危及星盘，Claudia回归后，预言了自己的命运。团队向克劳迪娅揭示星盘的危险，阿蒂攻击仓库并释放瘟疫。在布拉格的决斗中，克劳迪娅通过爱战胜阿蒂，然而Artie的心被匕首刺穿，兰花消失，瘟疫扩散。