这天是小伦转读淡江艺术中学的第一天，当他跟着同学小依(曾恺玹饰)参观校园时，突被一段神秘的钢琴乐曲吸引。
小伦随着琴音引领，走进一间百年琴室，发现弹琴者是一位清秀脱俗的女生小雨(桂伦镁饰)，两人虽然没有交谈，但在四目交投之间，双方都泛起微妙的感觉。
原来小雨是小伦的同班同学，由于冒失的小雨上课时总是迟到，故经常被迫和坐在后排的小伦坐在一起，两人的感情因此突飞猛进，更到达互相分享秘密的阶段；但每当小伦问及那天在百年琴室所听到的神秘乐曲时，小雨总是模棱两可地回答：“那是一个不能说的秘密……”。
距离毕业的日子越来越近，小雨决定向小伦公开神秘乐曲的秘密，于是相约小伦在琴室相见，小伦以字条回复小雨：“今晚琴房7:30，我也告诉你一个秘密”；怎料字条在阴差阳错之下，竟落在暗恋小伦多时的小依手上。
当晚小伦在琴室边奏着小雨喜欢的乐章边等待着，突然一双温暖的手盖着小伦的眼睛，双方情不自禁地拥吻起来，直至小伦张开眼睛，方知对方不是小雨而是小依；与此同时，小伦听到小雨的哭泣声从门外远去，小伦疯狂地追出去，但小雨早已芳踪杳然。
小雨自此仿如人间蒸发，音讯全无。小伦向同学打听小雨的下落，同学竟说从不知有小雨这个人。小伦到小雨家造访，竟被当成瞎撞。小伦翻看点名册，赫然惊觉名册上也没有出现小雨的名字……
直至小伦发现一张父亲和小雨的合照，向父亲追问关于小雨的一切，小伦方知小雨的出现绝非偶然，一切源自一首神秘的乐曲和一个不可告人的秘密……
不能说的秘密剧情介绍
由周杰伦自编自导自演的电影不能说的秘密目前正在他的母校台湾淡水中学紧张拍摄，剧组主创周杰伦、桂纶镁和黄秋生日前首次接受媒体探班，在媒体的追问下，作为焦点的周杰伦还是向大家说出了不少“秘密”。
在风景优美的淡水中学校园里，周杰伦和女主角桂纶镁以相同款式的黑色情侣装扮青春亮相，“干爹”黄秋生也到场助阵，眼尖的记者一下就发现了周董的一点变化。
“你晒黑了”，周：黑了。“刻意的？”周：没有啦。
影片不能说的秘密开拍已有一段时间，首执导筒的周董今天能透露多少影片的拍摄情况呢？
泄密一：时间紧任务重
第一次当导演，周杰伦最大的感受就是辛苦：
周杰伦：时间不是那么足够，睡觉的时间很少，还有很多东西都要保密，很累。
说到保密，当然他最紧张的就是不要让剧情曝光：
周杰伦：反正它就是不能说的秘密，大家去看应该就会知道为什么不说，不是说硬要卖关子。
泄密二：怕老赶拍青春片
不过，在采访中他还是透露了这是一部和年轻人有关的音乐题材电影，贯穿爱情和亲情的主题。至于为什么要急着在过年前抢拍，他的回答倒挺实在：
周杰伦：我28岁了，28岁演18岁，化化妆，穿上学生制服，还可以；如果等30岁再拍，超龄演出，会被笑的！
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