《东京残响》故事讲诉的是两个16岁青年在不炸死人的情况下在东京制造恐怖袭击。
企图通过这种让全国甚至全世界人民都关注的大事件，吸引足够多的话题和关注，揭不过开多年前日本政府进行的一个惨烈的实验，即通过在各个孤儿院挑选优异3—5岁幼童进行超乎常人的智力体力实验，使其成为优等人类作为工具反抗美国强权。
后来孩子们一个接一个死去，实验失败了，9和12制作一场火灾成功逃走，却没有救另一个伙伴5，这也导致后面的计划差点失败。这是部主角死光的动漫，有点悲壮。不知道自己的姓甚名谁，不知道自己的父母是谁。如果没有这几次震惊国内外的“恐怖袭击”应该也没人知道他们来过这世上又默默地死去。
那么这两个男孩在逃出来后选择用这种“自杀式”让世人知道这批人的存在是否有意义？他们已经逃出来了，拥有的智力体力优势加上惨绝人寰的培训，他们现在的能力比普通人多了不止一个等级，完全可以靠自己过上不错的生活。
《东京残响》登场角色介绍：
1、九重新
头脑聪明、常常保持冷静。与Twelve一同在东京开始了高中生的生活。然而，其真正的目的还是个谜。
2、久见冬二
拥有孩子般的纯真。将Nine视作哥哥般仰慕，与他转入了同一所学校。经常与Nine一起行动。
3、三岛理沙
就读于Nine和Twelve转入的学校。在班级中被欺负，并且还要承担着家庭的问题。与Twelve的相遇，开启了她意想不到的命运。
4、柴崎健次郎
警视厅的刑警。以前隶属于搜查一课，不过现在过着作为在文书处工作的窗边族的日子。与负责处理恐怖事件的搜查一课课长仓桥是同期。
5、Five
被美国政府与FBI同时派遣的核紧急支援队（NEST）的原子能科学家。
6、仓桥
刑事部搜查一课长。为解决斯宾克斯事件，借助了同期的柴崎的力量。
