在第491话中，柯南发现本堂的父亲可能与组织有关，随后与平次一同调查。492话中，他们通过照片和录像带发现本堂姐姐的身份疑云。第493话中，小五郎接到父亲的委托，揭示了锻吾溺毙事件背后的复杂家庭背景。494话则围绕着一封死亡讯息，推断凶手可能来自死者之家，而柯南准备揭示血型线索。
495话中，柯南向灰原揭示了本堂和水无怜奈的不同，小兰则透露了本堂寒假前的神秘线索。496话揭示了本堂的过去病史，以及FBI对医院内黑衣组织成员的搜寻。497话中，楠田的自杀和朱蒂的追踪行动引出更多阴谋。498话至500话，医院接连发生的事件与炸弹牵扯到水无怜奈，组织计划逐步展开，局势混乱。
501话和502话中，柯南与团队卷入新米花旅馆的杀人案，嫌疑犯逐渐浮出水面。503话揭示了搜查停滞，柯南提供线索帮助破案。504话则是赤井与kir的激烈对决，最终以炸弹爆炸告终，案件线索更加扑朔迷离。
494 红与黑的碰撞 冥土
对应漫画：
收视率：9.4%
播映时间：2008年2月4日
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。
493 红与黑的碰撞 疾呼
对应漫画：
收视率：9.5%
播映时间：2008年1月28日
小五郎接到作为父亲的奥平角藏希望复查于1年前身亡的儿子锻吾的事件的委托。角藏认为家中某人就是犯人。当天，角藏和妻子咏子，女佣人菊代，管家濑川从晚上7点到12点在起居室观看录像带。其间，锻吾在自家泳池溺毙。根据推断，死亡时间为晚9点至10点之间。闻听此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的结论，然而…。
492 红与黑的碰撞 血缘
对应漫画：
收视率：9%
播映时间：2008年1月21日
柯南等人在看到了本堂姐姐的照片，庵野也只能确认自己只见过怜奈年轻的时候。庵野用旧影像资料进行了确认。那个录像是报导工厂发生爆炸事故的现场节目。由于要输血，护士在寻找AB型的人，当听到需AB型的话时，怜奈作出了要去献血的举动。因此，本堂作出了怜奈不是自己姐姐的结论。此时，柯南打算让本堂告诉大家，他和自己姐姐之间有关血型的事情…。
491 红与黑的碰撞 开始
对应漫画：VOL56F10
收视率：9.6%
播映时间：2008年1月14日
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
