故事发生在距现在不远的未来，我们人类所毁汪了解的世界看上去并没有发生太大的变化，但是世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT，它的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR（Night Raider）。他们的任衡亮务就是秘密消灭异生兽。
新的敌人异生兽突然出现在拥有骄人战绩咐余宽的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克瑟斯奥特曼登场了。奈克瑟斯奥特曼的适能者·姫矢准也出现了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。而且，TLT的特殊飞行器合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战。
TLT的新队员，孤门一辉，他与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务。可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务以及周围的环境产生了疑问。组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克瑟斯和异生兽的原形到底是什么？……在最后一集，孤门一辉从黑暗中拉出西条风，后来得到奈克瑟斯的力量和黑暗扎基战斗，最后变成了传说的诺亚奥特曼，战胜了黑暗扎基。
孤门和姬矢建立了深厚的友谊，并一步步地开始揭开谜底。
