影片讲述了为守护流落民间的忠良之女邱莫言及其手中的明朝海防图，龙门客栈老板娘金镶玉（娄艺潇饰）与江湖侠客周淮安（梁森饰）结缘，二人联手与神秘而强大的倭寇傀儡师（陈志朋饰）和前来追缉的东厂势力上演了一场尔虞我诈的江湖纷争。各方势力你方唱罢我登场，在龙门客栈的诡异龙船上搅动风云，在如此险局之中，金镶玉与周淮安之间既有并肩作战的江湖豪情，又有坚定的家国大义，其中情怀让人动容。此次，影片重新诠释经典故事，二人的感情将迎来怎样的结局，龙门客栈最终归处在何方，悬念迭起静待观众来揭晓。
明朝天启年间，宦官魏忠贤专权擅国，利用执掌特务暗探机关--东厂的权利，大肆搜捕和迫害不顺从自己的朝中大臣，诛杀异己。兵部尚书周瑞朝等为保一片青天，联手与东厂展开了斗争。在与东厂爪牙和缇骑激烈拼杀之后，周瑞昌之子周淮安身中剧毒、只身冲破重围于断崖前侥幸脱身。昏迷之际，他突被一条毒蛇咬伤惊醒，他奋力拽扯，将蛇断为两截。山涧河边，他捧起河水正待饮下，竟惊觉手中流出的樱毁培河水被染为黑浊的毒液！他疾步大喊不远处的洗衣人快离开，却见洗衣服的妇人已为毒所发，倒地身亡。漫天风沙中，一个怪异的客店--龙门客栈渐渐出现在眼前。风骚迷人又身手不凡的客栈老板娘金湘玉偶然发现了正欲逃脱追捕的周淮安。她机警地骗过了搜查的番子，将已昏迷的周淮安带回到客栈。不料想，这却是一个劫货、杀人的黑店。周淮安一切都还蒙在鼓里。
新龙门客栈分集剧情介绍 第2集
未能追杀得手的东厂捕头只能回京复命去了。魏忠贤想着以虎子引得大虎上钩，遂令手下太监一边严刑对付周瑞昌，一边将朝中正直大臣邱正逮入狱中。没能在宅中看见叔父的邱莫言返身走入巷中，被一乔装烤饼的番子以告她邱大人情状骗入埋伏。莫言杀出包围急奔法场，救出小侄女婷儿飞身远去。黑阒阒的荒野里，一披发妇人唱着"长相知"舞动黑衣，令人疑是夜鬼。却原来是龙门客栈的神秘人物金湘玉的母亲。被锁在地窖的周淮安爬过柴房，无意之中闯入一室，正撞见洗浴中的美人--客栈老板娘金湘玉。呆楞之时，身手敏捷的金湘玉已使出机关，将懵懂的周淮安重踢入地窖。带着婷儿急急赶路的莫言，正愁不知出关的路怎么走，迎面碰上一个同行的路人常言笑。
新龙门客栈分集剧情介绍 第3集
大风漫漫中，莫言和常言笑举目望去，见龙门客栈已在眼前。莫言心下虽疑客店有鬼，却也不得不暂且栖身。夜里，孤寂的吹笛声使尚困在地窖的周淮安断定是莫言来到客店。莫言寻到柴房，两人终于碰面，其情难舍。为剿灭东厂，周淮安之父、莫言叔脊唯父邱大人以及镇国将军孙辰宗联手天山派欲与之一决，不幸却被东厂先发制人，两位老大人身死法场、天山神社一百多人被杀。金湘玉得知眼前人物就是被东厂悬赏2000两通缉捉拿的要犯后，心想自己救了周淮安、又帮他解掉了千蛛万手毒，便不想让莫言轻易得到人。在周淮安的安抚应诺下，金湘玉终于同意让他和莫言与一路同来的常公子及沙漠驮队别离客栈。正走着，常公余蚂子突然发现不远处的沙漠天上风向异常，一种沙漠风暴--风龙即起，一行人不得已重新回到龙门客栈。而沙漠商队沉甸甸的精致箱笼引起了众人的注意。龙门客栈又有了发一笔外财的机会。
新龙门客栈分集剧情介绍 第4集
常公子识破金湘玉要在月黑风大的夜里起意夺取商旅箱笼的意图，俩人言定各取利一半。因婷儿怕听夜半飘忽不定的歌声，莫言提剑欲结束女鬼的歌舞，与赶来救母的金湘玉又打了个交手。在荒野，金湘玉突然发现母亲被一蒙面人抱走，她急追不上，向之喊话。蒙面人不肯讲自己是何人，却提醒金湘玉七日之后多留神，放下其母隐身遁去。神秘蒙面人高超的武功和对母亲的影响，使金湘玉陷入怀疑琢磨的境地。而魏忠贤派出的三个追捕档头，在苦水镇也遭遇了澡堂暗器的迎候。这一系列错综复杂的人和事，使住在龙门客栈的每一个人--周淮安、莫言、金湘玉、常言笑和准备赶往客店的三个档头，还有苦水镇的人，全身不由己牵扯了进去。谁是敌、谁是友，一时不辩。
新龙门客栈分集剧情介绍 第5集
金湘玉为找出掳走母亲的神秘人物，自己动手画像请母亲辨认。她约铁算盘喝酒，偷看乌汗和老吉干活，使暗器刺探，却仍不明底里。是夜，母亲又夜半亦歌亦舞翩然下楼。在屋中玩耍的婷儿，对着自己的小娃娃在床上唱着跳着，突然触动机关跌入老吉接受杀人剁骨的厨房暗道。他以为老板娘这次要做的就是这个孩子，正待起刀，却被看在眼里的乌汗抢身护住。莫言回房不见了婷儿，飞身上楼用剑逼住金湘玉交孩子。金湘玉不知缘故、不肯答应，惹恼莫言就欲出剑。千钧一发之际，周淮安出手救下金湘玉。