ゆうきまさみのマンガを原作にした本作で神山が演じるのは、外見は18歳だが実年齢は88歳である吸血鬼探偵・雪村魁（ゆきむらかい）。不老不死の体質を持つ「オキナガ」である魁は厚労省の新米職員・伏木（ふせぎ）あかりとコンビを組み、70年間にわたって未年のクリスマスに起こっている連続殺人事件、通称「羊殺し」の犯人を追う。
1997年
043江户川柯南绑架事件
044堀田三兄弟杀人事件
045敷面膜杀人事件
046雪山山庄杀人事件
047健身俱乐部杀人事件
048外交官杀人事件（前篇）
049外交官杀人事件（后篇）
050图书馆杀人事件
051高尔夫练习场杀人事件
052雾天狗传说杀人事件（特别篇）
053迷样凶器杀人事件
054电玩公司杀人事件
055列车圈套杀人事件
056清洁公司杀人事件
057福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
059初次购物杀人事件
060插画画家杀人事件
061幽灵船杀人事件（前篇）
062幽灵船杀人事件（后篇）
063大怪兽哥斯拉杀人事件
064第三个指纹杀人事件
065螃蟹和鲸鱼绑架事件
066夜路杀人事件
067舞台女演员杀人事件
068暗夜公爵杀人事件（事件篇）
069暗夜公爵杀人事件（疑惑篇）
070暗夜公爵杀人事件（解决篇）
071米花之狼杀人事件
072三胞胎别墅杀人事件
073少年侦探团遇难事件
074死神阵内杀人事件
075金融公司社长杀人事件
076柯南vs怪盗KID（特别篇）
077名门连续惨死事件（前篇）
078名门连续惨死事件（后篇）
079银行抢匪杀人事件
080流浪画家杀人事件
081当红艺人绑架事件（前篇）
082当红艺人绑架事件（后篇）
083综合病院杀人事件
084滑雪别墅杀人事件（前篇）
085滑雪别墅杀人事件（后篇）
1998年
086诱拐现场特定事件
087白鹤报恩杀人事件
088德休拉别墅杀人事件（前篇）
089德休拉别墅杀人事件（后篇）
090花香杀人事件
091强盗犯人住院事件
092恐怖登山杀人事件（前篇）
093恐怖登山杀人事件（后篇）
094雪女传说杀人事件
095小五郎约会杀人事件
096走头无路的名侦探！连续两大杀人事件（特别篇）
097离别美酒杀人事件
098名陶艺家杀人事件（前篇）
099名陶艺家杀人事件（后篇）
100初恋情人回忆事件（前篇）
101初恋情人回忆事件（后篇）
102古装演员杀人事件（前篇）
103古装演员杀人事件（后篇）
104窃盗集团别墅事件（前篇）
105窃盗集团别墅事件（后篇）
106新闻照片杀人事件
107鼹鼠星人之谜事件（前篇）
108鼹鼠星人之谜事件（后篇）
109侦探团大追击事件
110烹饪教室杀人事件（前篇）
111烹饪教室杀人事件（后篇）
112帝丹小学七大不可思议事件
113白色海滩杀人事件（特别篇）
114有氧潜水杀人事件（前篇）
115有氧潜水杀人事件（后篇）
116推理小说家失踪事件（前篇）
117推理小说家失踪事件（后篇）
118浪花连续杀人事件（特别篇）
119假面超人杀人事件
120蜂蜜鸡尾酒杀人事件
121浴室密室杀人事件（前篇）
122浴室密室杀人事件（后篇）
123天气预报小姐绑架事件
124神秘的狙击者杀人事件（前篇）
125神秘的狙击者杀人事件（后篇）
126旅行戏团杀人事件（前篇）
127旅行戏团杀人事件（后篇）
128黑暗组织10亿抢劫事件
1999年
129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件（特别篇）
130竞技场无差别威胁事件（前篇）
131竞技场无差别威胁事件（后篇）
132魔术爱好者杀人事件（事件篇）
133魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）
134魔术爱好者杀人事件（解决篇）
135消失的凶器搜索事件
136蓝色古堡搜索事件（前篇）
137蓝色古堡搜索事件（后篇）
138最终放映杀人事件（前篇）
139最终放映杀人事件（后篇）
140SOS！步美的讯息
141结婚前夕密室杀人事件（前篇）
142结婚前夕密室杀人事件（后篇）
143疑惑的天体观测
144上野出发的北斗星3号（前篇）
145上野出发的北斗星3号（后篇）
146本厅刑事的恋爱物语（前篇）
147本厅刑事的恋爱物语（后篇）
148地上电车紧急煞车事件
149游乐园高空弹跳事件
150汽车爆炸事件的真相（前篇）
151汽车爆炸事件的真相（后篇）
152神秘老人失踪事件
153园子的夏日海滩冒险物语（前篇）
154园子的夏日海滩冒险物语（后篇）
155水中的钥匙密室事件
156本厅刑事的恋爱物语2（前篇）
157本厅刑事的恋爱物语2（后篇）
158沉默的环状线
159诡异的五重塔传说（前篇）
160诡异的五重塔传说（后篇）
161流水亭的杀机
162空中的密室！工藤新一的首次事件（特别篇）
163月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165少年侦探队消失事件
166鸟取县蜘蛛公馆的怪异事件（事件篇）
167鸟取县蜘蛛公馆的怪异事件（疑惑篇）
168鸟取县蜘蛛公馆的怪异事件（解决篇）
169维纳斯之吻
170黑暗之中的死角（前篇）
171黑暗之中的死角（后篇）
172复活的死亡讯息（前篇）
173复活的死亡讯息（后篇）
2000年
174二十年后的杀机 圣佛尼号连续杀人事件（特别篇）
175被杀了四次的男人
176与黑暗组织的再会（灰原篇）
177与黑暗组织的再会（柯南篇）
178与黑暗组织的再会（解决篇）
179咖啡厅卡车突然撞入事件
180红色的杀机夜想曲（前篇）
181红色的杀机夜想曲（后篇）
182九道门大搜查
183危险的处方笺
184诅咒面具的冷笑（特别篇）
185被狙击的名侦探（前篇）
186被狙击的名侦探（后篇）
187黑暗中的神秘枪声
188危命的复活洞窟内的侦探团
189危命的复活负伤之下的名侦探
190危命的复活第三个选择
191危命的复活黑衣骑士
192危命的复活新一回来了
193危命的复活约定的场所
194别有玄机的八音盒（前篇）
195别有玄机的八音盒（后篇）
196看不见的凶器，小兰的初次推理
197超级汽车陷阱（前篇）
198超级汽车陷阱（后篇）
199嫌疑犯·毛利小五郎（前篇）
200嫌疑犯·毛利小五郎（后篇）
201第10个乘客（前篇）
202第10个乘客（后篇）
203黑天使的翅膀（前篇）
204黑天使的翅膀（后篇）
205本厅刑事的恋爱物语3（前篇）
206本厅刑事的恋爱物语3（后篇）
207完美的名推理
208朝向迷宫的入口，巨大神像的愤怒（特别篇）
209龙神山坠落事件
210五彩传说的水底龙宫（前篇）
211五彩传说的水底龙宫（后篇）
212松茸、熊与侦探队（前篇）
213松茸、熊与侦探队（后篇）
214演讲厅神秘事件
215BayoftheRevenge（前篇）
216BayoftheRevenge（后篇）
217目暮心中尘封的秘密（前篇）
218目暮心中尘封的秘密（后篇）
2001年
219名侦探大会集！新一vs怪盗KID
220满口谎言的委托人（前篇）
221满口谎言的委托人（后篇）
222人鱼再度哭泣（事件篇）
223人鱼再度哭泣（推理篇）
224人鱼再度哭泣（解决篇）
225生意兴隆的秘密
226战斗游戏的陷阱（前篇）
227战斗游戏的陷阱（后篇）
228暗藏杀机的陶艺教室（前篇）
229暗藏杀机的陶艺教室（后篇）
230诡密的乘客（前篇）
231诡密的乘客（后篇）
232公寓坠落事件
233未消失的证据（前篇）
234未消失的证据（后篇）
235寝室的酒窖
236南纪白滨的神秘之旅（前篇）
237南纪白滨的神秘之旅（后篇）
238大阪3K事件（前篇）
239大阪3K事件（后篇）
240新干线护送事件（前篇）
241新干线护送事件（后篇）
242元太的灾难
243毛利小五郎的冒充者（前篇）
244毛利小五郎的冒充者（前篇）
245向日葵馆的枪声
246缠在网子中的谜团（前篇）
247缠在网子中的谜团（后篇）
248治愈之森的不在场称证明
249偶像们的秘密（前篇）
250偶像们的秘密（后篇）
251OK牧场的悲剧
252图画里的绑架犯
253本厅刑事的恋爱物语4（前篇）
254本厅刑事的恋爱物语4（后篇）
255松江玉造连句十四回合定胜负（前篇）
256松江玉造连句十四回合定胜负（后篇）
257非常奇怪的天谴
258来自芝加哥的男子（前篇）
259来自芝加哥的男子（后篇）
260摇动的餐馆
261降雪之夜的恐怖传说（前篇）
262降雪之夜的恐怖传说（后篇）
2002年
263大阪双谜浪花剑士与太阁之城（特别篇）
264法庭上的对决妃VS小五郎（前篇）
265法庭上的对决妃VS小五郎（后篇）
266情人节的真实（事件篇）
267情人节的真实（推理篇）
268情人节的真实（解决篇）
269犯罪的遗物（前篇）
270犯罪的遗物（后篇）
271急忙掩饰的忽略（前篇）
272急忙掩饰的忽略（后篇）
273提问婆婆失踪事件
274幽灵屋的真相（前篇）
275幽灵屋的真相（后篇）
276警察手册丢失事件
277英语教师VS西部名侦探（前篇）
278英语教师VS西部名侦探（后篇）
279迷宫的阴暗（前篇）
280迷宫的阴暗（后篇）
281小小的目击者
282水流石庭的玄机（前篇）
283水流石庭的玄机（后篇）
284中华街雨中的似曾相识（前篇）
285中华街雨中的似曾相识（后篇）
286工藤新一纽约事件（事件篇）
287工藤新一纽约事件（推理篇）
288工藤新一纽约事件（解决篇）
289迷惘森林中的光彦（前篇）
290迷惘森林中的光彦（后篇）
291孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
294爱与决心的必杀球（前篇）
295爱与决心的必杀球（后篇）
296屋形船震惊的钓鱼
297法庭的对决II妃VS九条（前篇）
298法庭的对决II妃VS九条（后篇）
299友情与杀意的关门海峡（前篇）
300友情与杀意的关门海峡（后篇）
301恶意与圣者的行进（前篇）
302恶意与圣者的行进（后篇）
303归来的受害者
2003年
304震动的警视厅！1200万人质（特别篇）
305看不见的嫌疑犯（前篇）
306看不见的嫌疑犯（后篇）
307无声的证据（前篇）
308无声的证据（后篇）
309与黑暗组织的再会（交涉篇）
310与黑暗组织的再会（追踪篇）
311与黑暗组织的再会（决死篇）
312夕阳染红的女儿节人偶（前篇）
313夕阳染红的女儿节人偶（后篇）
314栏杆损坏的了望台
315阳光普照的地方
316玷污的假面英雄（前篇）
317玷污的假面英雄（后篇）
318幸运的雪茄盒（前篇）
319幸运的雪茄盒（后篇）
320不在场证明的隐身术
321消失的绑架逃逸车（前篇）
322消失的绑架逃逸车（后篇）
323服部平次一筹莫展（前篇）
324服部平次一筹莫展（后篇）
325火焰中的红马（事件篇）
326火焰中的红马（搜索篇）
327火焰中的红马（解决篇）
328生日葡萄酒之谜
329被挑拨的友情（前篇）
330被挑拨的友情（后篇）
331疑惑的咖喱饭（前篇）
332疑惑的咖喱饭（后篇）
333像公主的人（前篇）
334像公主的人（后篇）
335东京现影所的秘密（前篇）
336东京现影所的秘密（前篇）
337坠落事件的隐情
338四辆保时捷（前篇）
339四辆保时捷（后篇）
340厕所里隐藏的秘密（前篇）
341厕所里隐藏的秘密（后篇）
342豪斯登堡的新娘（特别篇）
343便利店的陷阱（前篇）
344便利店的陷阱（后篇）
2004年
345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（特别篇）
346寻找屁股上的印记（前篇）
347寻找屁股上的印记（后篇）
348爱、幽灵和地球遗产（前篇）
349爱、幽灵和地球遗产（后篇）
350被遗忘的手机（前篇）
351被遗忘的手机（后篇）
352钓鱼大会的悲剧（前篇）
353钓鱼大会的悲剧（后篇）
354小小的委托者（前篇）
355小小的委托者（后篇）
356怪盗基德的惊异的空中步行（特别篇）
357恋人是春天的幻觉
358本厅刑事恋爱故事5（前篇）
359本厅刑事恋爱故事5（后篇）
360不可思议的春天甲壳虫
361帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362帝丹高中的学校怪谈（后篇）
363都市的乌鸦
364共时性事件（前篇）
365共时性事件（后篇）
366可遇见的码头惨剧（前篇）
367可遇见的码头惨剧（后篇）
368魔女栖息的糖果之家
369好运男子的历险
370四处辗转的游戏软件
371沉默的航路（前篇）
372沉默的航路（后篇）
373剧毒蜘蛛的陷阱
374星星和香烟的暗号（前篇）
375星星和香烟的暗号（后篇）
376限时15小时
377桃太郎解迷之旅（前篇）
378桃太郎解迷之旅（后篇）
379深山温泉、雪中之夜和年轻女子事件（前篇）
380深山温泉、雪中之夜和年轻女子事件（后篇）
381谁的推理秀（前篇）
382谁的推理秀（后篇）
383甲子园的奇迹绝不能输给看不见的恶魔（特别篇）
2005年
384目标毛利小五郎
385斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）
386斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（间奏曲）
387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（尾奏曲）
388醉在萨摩的小五郎（前篇）
389醉在萨摩的小五郎（后篇）
390本厅的刑事恋物语6（前篇）
391本厅的刑事恋物语6（后篇）
392谜样的身长20厘米差距
393似乎是绑架的事件
394怪屋的大冒险（封印篇）
395怪屋的大冒险（操纵篇）
396怪屋的大冒险（解决篇）
397辛辣苦口的甜汤
398奇妙一家的委托（前篇）
399奇妙一家的委托（后篇）
400疑惑的小兰
401宝石抢匪现行犯（前篇）
402宝石抢匪现行犯（后篇）
403不可思议的天使之馆（前篇）
404不可思议的天使之馆（后篇）
405去叫救护车的男子
406柯南和平次的推理魔术（装置篇）
407柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408柯南和平次的推理魔术（解决篇）
409同时进行的舞台和绑架（前篇）
410同时进行的舞台和绑架（后篇）
411神社鸟居之惊悚暗号（前篇）
412神社鸟居之惊悚暗号（后篇）
413完全一半犯罪之谜
414追逐兰色小鸟的少年侦探团
415佛灭前出现的恶灵（事件篇）)2005/10/10
416佛灭前出现的恶灵（推理篇）)2005/10/17
417佛灭前出现的恶灵（解决篇）)2005/10/24
418米花町阁楼之家/2005.10.31
419八头蛇的剑(前篇)/2005.11.7
420八头蛇的剑(后篇)/2005.11.14
421博士の初恋物语（前编）)2005/11/21
422博士の初恋物语（后编）)2005/11/28
2006年
423黒の组织との対决（2h SP）)2006/01/09
424女子児童失踪の秘密（前编）)2006/01/16
425女子児童失踪の秘密（后编）)2006/01/23
426爱情の裏の真意（前编）)2006/01/30
427爱情の裏の真意（后编）)2006/02/06
428本庁の刑事恋物语7（前编）)2006/02/13
429本庁の刑事恋物语7（后编）)2006/02/20
430电话に残された证拠（前编）)2006/02/27
431电话に残された证拠（后编）)2006/03/06
432服部平次3年前の事件（2h SP）)2006/04/10
剧场版
1：引爆摩天楼
2：第十四个目标
3：世纪末的魔术师
4：瞳孔中的暗杀者
5：通往天国的倒计时
6：贝克街的亡灵
7：迷宫的十字路口
8：银翼的魔术师
9：水平线上的阴谋
OVA
1：柯南vsKidvsYaiba宝刀争夺大作战!
2：16个嫌疑犯
3：柯南、平次与消失的少年
4：基德与水晶之母
5：目标是小五郎!!少年侦探团的秘密调查
TV特别篇
特别篇01－钢琴奏鸣曲"月光"杀人事件
特别篇02－雾天狗传说杀人事件
特别篇03－柯南对怪盗基德
特别篇04－走头无路的名侦探！连续两大杀人事件
特别篇05－浪花连续杀人事件
特别篇06－来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件
特别篇07－飞行中的密室！工藤新一首次事件
特别篇08－二十年后的杀机！圣佛尼号连续杀人事件
特别篇09－诅咒假面的冷笑
特别篇10－朝向迷宫的入口！巨大神像的愤怒
特别篇11－名侦探大会集！新一vs怪盗KID
特别篇12－大阪双谜·浪花剑士与太阁之城
特别篇13－震动的警视厅！1200万人质
特别篇14－豪斯登堡的新娘
特别篇15－直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
特别篇16－怪盗基德惊异的空中步行
特别篇17－甲子园的奇迹绝不能输给看不见的恶魔
特辑
1：彷徨的红蝴蝶
2：飞上天空的十颗行星
3：少年侦探团7分钟特辑
4：追寻迷一样的水星怪兽
5：青山刚昌短篇集
6：水平线上的柯南小五郎
内容：1 引爆摩天楼：
某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师－－森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。小兰问新一红色和蓝色他喜欢哪个没办法以新一身份去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。原来5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把这件事给忘了。在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。 到了5月3日当天下午，小兰便出门了。柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手；而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。柯南用滑板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。 这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，在倒数16秒这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸了，他也受了伤，进了医院。 在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是前西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X”，而侦探团的孩子也在车上。柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之间”，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。 白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。 看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市电影院中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
2：第十四个目标：
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，就在第二天，小兰的母亲妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务柯南射小兰的一刹那所里，紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤，每一个凶案现场都分别留下了有关黑桃扑克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。到底这张扑克牌代表着什么？难道是死亡…… 根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮捕。侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的妃英理，企图逃走。枪法一流的小五郎第一枪掠过妃英理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。而村上丈在上个礼拜假释出狱了…… 怪异的连续袭击事件是按照着扑克牌的顺序进行的，这一次出现的牌面是黑桃十。遭到犯人毒手的是小五郎打高尔夫的球友辻弘树。柯南等搭乘辻弘树所驾驶的直升机，弘树驾驶前必要点的维他命被人给掉包了，眼睛遇太阳刺眼得张不开，失去了视力，所幸柯南及时降落，逃过了一劫而黑桃十出现在辻弘树家中。凶手的杀机笼罩着所有和小五郎有关的众人…… 为了名字里有九的旭胜义，大家随泽木公平来到了著名的海上娱乐中心乐乐广场。柯南发现了现场的人们名字中都含有「数字」。难道犯人把所有的猎物都一网打尽吗？在海底餐厅里，他们并没有发现嫌犯--村上丈的踪影，却发现了主人旭胜义留下的纸条（其实是凶手留的）。在酒室中泽木公平遭袭。当大家回到餐厅时，却发现了实业家旭胜义的尸体。 被困在大厅里的众人纷纷找寻出口，刹那间灯熄了！名模特儿小山内奈奈的手却发出了闪光，然后惨遭毒手，而在她的尸体旁边有一张黑桃七的扑克牌。此时巨大的爆炸声响起，犯人炸毁的餐厅。大家逃离了海底，正当柯南指正凶手就是泽木公平时，凶手捉了小兰当人质，并要柯南将手枪丢给他，一切的景象就跟小五郎当年面对村上丈挟持妃英理做人质一样……
3世纪末的魔术师：
罗曼诺夫王朝的皇室秘宝－回忆之卵，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这日本关西名侦探服部平次活跃登场!无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了俄罗斯大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏于防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，但还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。 柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。 神秘的枪口对准了怪盗基德!到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。 但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了……
4瞳孔中的暗杀者：
连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探！ 柯南与小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：「Need not to know〔无须知道〕……」 这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关！ 小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和佐藤警官都在厕所中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤警官为保护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入厕所时犯人却已不着痕迹地脱逃了。这时，小兰却因承受不了佐藤警官重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去热带公园，却误认为找到真凶而放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……最后在喷水池中，兰想起了以前和新一的事，找回了记忆，并狠揍了一顿犯人。
5通往天国的倒计时：
阿笠博士与少年侦探团一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高的双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了毛利父女和铃木园子前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。 一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……？ 柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀究竟在给谁打电话？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手黑衣组织，展开一场史上最恐怖的攻防战…… ，而哀也相当活跃，凶手也令众人震惊不已，原因更是出乎别人意料，杀人手法也是别具一格，Gin，Vodka等人也会出现，爆炸场面惊心动魄，可以说是剧场版的一个巅峰。
6贝克街的亡灵：
米花市政大楼。这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏“茧”的发表会。结合了最先进技术的“茧”，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了“茧”。另一方面，“茧”的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称“诺亚方舟”的人工智慧闯入“茧”的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：“在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。”开始了一场失控的游戏。 少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家—工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修“茧”游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在“茧”所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。 一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
7迷宫的十字路口：
在东京、大阪和京都三地发生了杀人事件，死者都是盗贼集团源氏萤的成员，并且死者每人手中的《义经记》都被凶手夺走，这到底为了什么？接着，柯南等人由于一尊佛像被偷而受邀前往京都解谜，并在那碰到了同目的另外也寻找初恋情人的平次。凶手发出了挑战，寄给他们一张神秘图，说只要解开此图就能找到佛像。在此过程中，又一桩杀人案出现在他们面前，佩带老翁面具的凶手所设的陷阱一个个向他们驶来，凶手用剑术和弓箭一步步的杀向平次。最后，和叶在找证据时也被他抓走了。 ★面具下的神秘面孔会是什么样的？他为什么要杀死平次？水晶玉会带来什么神奇效果？前去救和叶的外表是平次的男子究竟是谁？哀给柯南吃的药有什么效果？哀：“或许他可以恢复原来的身体”。而兰终于也见到了新一！“工藤新一，是个侦探”“新一，我终于见到你了”……平次能救出和叶并逮到凶手吗？平次又是否会找到他的初恋情人？
8银翼的魔术师：
一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！ 那个男人再次出现在柯南的面前？柯南能守住宝石吗！？……然后？ 当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起，并且肆意推理基德不会从房顶来；这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟芬王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？
9水平线上的阴谋：
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。 然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了的，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面——当然，本片的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却使新一和小兰超越了时间的羁绊。
10侦探们的镇魂歌：
在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，戴上了携带炸弹的ID，进入游乐园也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤。”神秘男子的电脑屏幕上显示着新一与兰的照片。这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… 就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的青梅竹马和叶也进入游乐场，成为了人质，白马探（基德装扮的）也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样？？
11深蓝色的海盗旗：
太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在 过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。 到神海岛度假游玩的柯南一行人遇到了一群来寻找财宝的探险人“treasure追求者”。他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。小兰、园子和他们一起潜水的时候遇到了鲨鱼的袭击，尽管小兰和园子侥幸逃脱，但其中一人被鲨鱼袭击死亡。为了探求真相，柯南和小兰一起展开了调查。海底宫殿中究竟隐藏着怎样的秘密？超越了300年时光的暗号，将由柯南为你解开！
12战栗的乐谱：
近日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有超强乐感的天才歌手的歌声。 可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多凶杀的可疑案件。在此期间，堂本先生的四位弟子均被凶手利用爆炸杀害，其实这四位是堂本学院的第一届学生，2年前组成钢琴四重奏至今仍十分活跃。 但只因当初强灌酒于相马光（凶手谱和匠之儿，最后才揭晓），导致其后意外坠楼死亡，所以遭杀。 音乐会当天，柯南和女高音秋庭被袭，飘流在河流中的船上，兰等人所在的音乐会场外发生大爆炸。由于音乐场内有隔音、防火效果，众人在危险中完全不知情。柯南和秋庭利用电话唱出了准确的音调拨打了110。顺利向警察求助，柯南等人通过屋顶顺利进入会场，此时，外围柱子已经爆炸了20跟，在谈话之间又是3根，那么最后只剩会场最后一次爆炸。怜子小姐唱出了“奇异盛典”组织了堂本先生继续弹奏钢琴键组织了爆炸，此时柯南也接近凶手，拆除了感应器。 最后，柯南和会场内的所有人命悬一线时，哀用元太的竖笛吹出：38224（shoot），被柯南看出“狙击”，佐藤从另一个地方一枪打下遥控器,末尾新兰的感情戏最后由柯南拉的小提琴微笑落幕