物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。 女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。 爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动，似乎一切都在他的计划之中。 魔女的传说，路途的危机四伏，娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗？
故事发生在约20世纪的墨西哥，因涉嫌谋杀物理学家海因滋·休奈塔而被追捕的少女艾丽斯，在黑道也被以巨额赏金悬赏通缉。赏金猎人娜迪，在墨西哥的乡村小城发现了艾丽斯，原本想将其缉拿，却因为偶然，从其他赏金猎人手中救下了艾丽斯。得知艾丽斯决定去南方，回到她出生的故乡并追寻事件的真相，去发觉那些不为人知的过去和一个巨大的阴谋。但能揭示其命运的只有一块被称为伊卡洛斯的石头和一句“ウイニャイマルカ”的迷之语言。一直东躲西藏的悬赏通缉者和赏金猎人的奇妙旅行开始了……
艾莉丝（CV：清水 爱）
因涉嫌杀害物理学家海因茨·修奈达而遭到通缉的少女。
根据远古早已灭亡的“魔女”DNA创造，但其能力不稳定且不完全。被BLUE EYES复活以后学会掌控了魔女之力。
为了查明博士死亡原因真相，她凭着微弱的记忆寻找着自己的故乡，向南进发。遇到娜蒂之后发生了很大变化。
喜欢娜蒂，称两人为亲密夫妇，并在请求娜蒂杀死自己时告白。
在结局和娜蒂踏上了新的路途。 娜蒂（CV：伊藤 静）
独来独往的赏金女猎人，流浪者。偏爱使用旧式45口径柯尔特式自动手枪。
由于某个偶然的契机，决定与艾莉丝一起去南方。一路上很照顾艾莉丝，使艾莉丝对她的感情很特别，在杀死艾莉丝后殉情。
表面上是一个随性的乐天派，实际上却有着故乡遭人袭击，只剩她一人存活的悲惨过去。
在结局和艾莉丝踏上新的旅途。 乔迪“苍瞳”赫瓦德（CV：久川 绫）
在中央情报局财务科工作的白领。
对罗森伯格不紧不慢的工作作风束手无策。在后来散着头发，也不戴眼镜，是个美女。
实际上是真正魔女的后裔，在第25集因为娜蒂和艾丽丝的死使出了魔女的力量，在结尾过上了普通的生活。 道格拉斯·罗森伯格（CV：三宅 健太）
中央情报局“R－339”课长。
在政界也颇有势力，精明能干的政府代表。 实际杀了博士的是他，目的是使爱丽丝的能力完全觉醒，为此不择手段。可博士死后艾莉丝没有完全觉醒，他只好计划了另一个方案。贴出赏金，放出消息，魔女们就会保护艾莉丝，而凑巧被选中的人就是娜蒂，他计划娜蒂成为活祭品让艾莉丝觉醒，一切都按他预想的顺利发展，可他失算了，败在“牵绊”手下，后被娜蒂和艾莉丝枪杀。 海因茨·修奈达（CV：三木 真一郎）
物理学博士。德国移民。背井离乡，把研究作为唯一的生存价值。“利维坦项目”研究开发工作的中心人物。
艾莉丝的监护者，在与艾莉丝的生活中，爱上了艾丽丝。曾答应与艾莉丝离开，后被枪杀。 L·A（CV：宫野 真守）
接近艾莉丝的神秘美少年，与艾莉丝同根据魔女的基因创造。但因是男性，不具有魔女的能力，善于用线攻击（能切断建筑物）。深爱着艾莉丝到变态的程度。L·A于魔女猎人的结局时死去。 利卡路德（CV：立木 文彦）
沉默寡言的赏金猎人。受雇于罗森伯格。原佣兵。 在动漫后半部一直在保护娜蒂和艾莉丝，在结局还在做赏金猎人，一直带着莉莉奥。 莉莉奥（CV：井上 麻里奈）
跟随利卡路德的孩子。 似乎拥有魔女的力量，结局依旧跟着利卡路德，为了帮他的忙在训练。