季洁等在押解412重犯回程的途中听到15声抢响。经调查，枪声出现在 “锦绣地”。沈耀东用死者手机拨出通话记录里最后通话的号码，结果前来向郑一民报道的佟林的手机响了起来。季洁等人对此深感意外。
案情分析会上，沈耀东要求佟林解释电话一事，佟林的回答引起大伙不满。佟林利用郑一民从沈耀东嘴里套出了嫌疑人的地址，而李少成从监控录像上发现了一个与案件有密切关系的陈雪。
在关键时刻，佟林找到了在“锦绣地”谈判时被打伤的五个人，遗憾的是已经死了两个。季洁认同佟林保留活口，好继续破案的理由。但这时，一个意外让 “十六枪案”的三个“活口”又死了一个，剩下两人都成了植物人。
案情变得扑朔迷离，一场惊心动魄的较量就这样拉开了帷幕。
沈耀东带人在佟林家找到了崔强的尸体和一把五四手枪。沈耀东和季洁讯问佟林，佟林将他是如何与郑一民、马局一起设局，引沈耀东“上钩”的事实全盘托出，揭出沈耀东“黑警察”的真实面目。最终，沈耀东在抓捕犯罪嫌疑人葛安时，以死来悔改自己的所作所为。
在“粮库熏蒸”一案上，佟林发现季洁提到的四个地点名称都和“锦绣地”的开发商苏渤海有关。
季洁拘审了崔强失踪前见的最后一个人陈雪，佟林却为陈雪找到不在现场的确凿证据，推翻了季洁的结论。陈雪在歌厅请佟林唱歌，不料被缉毒警给兜了。季洁将佟林接回，佟林隐瞒了去歌厅的真相。
六组清查崔强死因，在现场发现一皮箱佣金。再三审讯之下，嫌疑人张某供出买凶杀人之人是进京官员。当佟林、季洁找到证据，却发现涉案官员已经自杀。而这时，苏渤海办公室发生失火、爆炸。赵鹏被枪击，腿部负伤。佟林认为是赵鹏自己“做戏”。佟林和季洁突审赵鹏。赵鹏一口咬定枪击自己的人就是苏渤海，佟林对此大感疑惑。
由于案发现场在陈雪常出没的会所。陈雪向佟林建议由自己设饭局请苏渤海和赵鹏见面，同时佟林也出席。佟林说服季洁，请示过郑一民后，单刀赴会。谁也没想到，苏渤海和赵鹏竟然在饭局上达成了交易。
一个亡命徒冲进医院要炸死赵鹏，被阻击手击毙，佟林想以此挖出苏渤海，但始终证据不足。由于线索中断，案件再次陷入谜团。
薛晓琪打来电话，告知佟林其偷取了赵鹏的一包秘密卷宗。佟林擅自布置行动到预定地点，不料关键时刻薛晓琪销声匿迹，众人意外陷入险境，与一帮流氓发生械斗，导致六组伤了一个组员。季洁质问佟林，佟林有口男辩。为查明真相，佟林只得独自找寻薛晓琪。在薛晓琪家，他发现了苏渤海妻子叶芝琳的尸体，而薛晓琪不知所踪。
佟林受到处分，但他别无选择，孤身一人继续寻救薛晓琪。几经周折，佟林找到被奸杀的薛晓琪……季洁从薛晓琪女儿思思口中得知坏人竟是佟林，一气之下扇了他一个耳光。
苏渤海成为受害人叶芝琳的家属，受到多次询问，不敢离开警局。佟林直截了当质问苏渤海，苏渤海将所有的犯罪行为推给赵鹏和当年的会计身上。同时，他交代了自己手里掌握赵鹏指使葛雄干掉崔强的录音。但苏渤海声称如果交出录音，必须与警方做交易，以求保护自己的利益。甚至以案子有背景，威胁佟林。
佟林找陈雪查询，陈雪感到紧张。佟林将情况告知季洁，二人认为先把陈雪放在一边，当务之急是抓住连环杀手葛雄，这是突破赵鹏的关键人物。两人请示郑一民，商量方案。郑一民认定葛雄肯定要去除掉苏渤海。佟林要求苏渤海必须回家，随即警方包围了苏渤海家，但葛雄没有出现。
季洁查到葛雄的居住地，但她发现葛雄妻李淑兰已经被杀。
经过几番复杂曲折的斗争，六组终于抓住了赵鹏手下的连环杀手葛雄。佟林找薛晓琪的“小弟”要“东西”，小弟因对薛晓琪之死怨恨佟林，将账本交给了季洁。
季洁、佟林串并案时发现一个可疑的嫌犯，最后证明是枪伤赵鹏的凶手，将其抓获，果然供出是苏渤海买凶杀害赵鹏未遂。最终，带有黑社会性质的犯罪团伙被一网打尽，赵鹏、苏渤海、高总先后落网，而“锦绣地”也被政府收走。陈雪作为十年前沉案的嫌疑人被拘审，但最后因证据不足被释放。随着案件结束，佟林最终被调离重案六组。
当《重案六组3》再次
案剧退出了黄金档。
吹响集结号时，丁志诚原本是没有档期的 ，由王超接棒出演第三部的组长陶非，在 开编剧会时，我强烈要求保留一个815大案 的背景线索，而这个线索事关杨震和季洁 的情感纠结。制片人和导演一再告诉我， 丁志诚没有档期，他来不了，我说：“没问 题，我等！” 老丁真够意思，就在快杀青的 前十天，他突然来到了现场，说：“我只有 一个星期的时间，你们看着安排吧！”那个 时候，我觉得老丁真的是很可爱！于是在 现场出现了这样的情况，他在前面演，我 在后面写，写完一场场记拿去打印，分给 全组，马上拍。演陶非的王超老师用天津 话逗乐说：“好嘛！咱介也太哏儿了！快赶 上港台电视剧了——飞单片儿！” 老丁平时 总吹牛刀功如何了得，所以我专门写了一 场他独自做晚饭等待季洁回家的戏，打算 在拍做饭这场戏的时候，让他秀一下刀功 ，无奈他的时间太紧了，拍这场戏时，接 他去下一部戏的车已经等在外面了，老丁 只好放弃这个想法，把他的镜头拍完直接“ 蹿”去另一部戏的拍摄现场了。导演只好给 他安排了个“手替”，片中观众看到的做饭 的人是丁志诚，而切菜的特写则是制片主 任张云平的手完成的。最后一场戏，我原 本设计的是镜头从桌上的热气腾腾的饭菜 拉开，是杨震和季洁二人共进晚餐的身影 ，再拉开是充满幸福和温暖的小屋，镜头 从窗子拉出，拉成整个楼的样子，再往上 升拉是整个城市的万家灯火与灿烂星空遥 相呼应，最终定格：全剧终。可悲催的是 ，我们的资金实在是有限，无法完成这个 需要电脑特技制作的镜头。最后就只能采 用跳切的方式，将这个场景展示了出来。 就这样，我们如愿以偿完成了815大案的完 整线索，完成了粉丝们殷殷期盼的“季杨恋 ”，完成了《重案六组》系列一百集的光荣 梦想。补充一点：谁也没想到后来又补充 了一个第四部。这下麻烦了，第三部结尾 ，他俩已经是和谐欢乐幸福小家庭了。第 四部里在一起工作不太可能，拍他俩的生 活又不是《重案六组》的风格，无奈《重 案六组4》里杨震成了一个“隐身人”，季洁 想生孩子的“造人工程”应该是和幕后的他 一起完成的。如果我们再拍下去，估计就 该有个“小杨震”或者“小季洁”的横空出世了大概就这些勒罢，别的再问我
