半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……
都筑真纪在决定剧场版《魔法少女奈叶 The MOVIE 1st》的标题时，曾说过续集剧场版《魔法少女奈叶 The MOVIE 2nd A's》的标题问题，就是对故事而言有相当重要意义的标题，包括“The MOVIE”、“A's”、“2nd”之类的。但决定标题的时候，很多人提出了各种意见，如“以故事而言，因为是单独的独立完结作品，‘2nd’的标题不好”、“不对，因为是续集，所以‘2nd’比较好”、再加上“なのは A's The MOVIIE”等意见都有外，所以都筑在决定较好的标题时，将“A's”标注在后面，最终组成现在的《魔法少女奈叶 The MOVIE 2nd A's》的标题。