一晃眼二十年过去，某日，初音岛风见学园的官方新闻部的权威遭到了非官方部的大胆挑战，毕业季在即，毕业季特刊的出版成为了部里的头等大事，这一次，部长森园立夏（新田惠海 配音）决心去调查那颗传说中永不凋零的樱花树，以“魔法”作为杂志的主题。 &
《初音岛第三季》结局是：
因为美夏的及时出现，勇斗安全从车祸中脱离出来。碰到车的美夏倒是没什么大碍，就只有一点儿皮外伤，反而是车辆损毁严重。那个时候，在现场有很多在放学途中的学生看到了这一幕，所以美夏是机器人的事更加确认了。
这一情况的发生使得掩饰已经不起作用了，义之对今后美夏的学园生活更加担心了。然而学生们却赞扬美夏乐于助人，开始用笑容来迎接美夏。并且，因为救下了弟弟勇斗，美夏也得到了麻耶的认可。义之觉得漫长的问题终于得到解决，但那也是短暂的，又有一件事在冲击着他们。
美夏机器人的事被学园理事会知道了，并且很快给她下达了退学处分决定。大人们只是讲究面子，为了明哲保身得出的结论，这在任何人眼中都很清楚。美夏的朋友以及学生们都对其决定提出强烈抗议，表示不能接受。于是他们在学校里举行罢课抗议，一直持续着。
扩展资料：
故事是发生在前作《初音岛Ⅱ》剧情结束的20年之后，初音岛风见学园的非官方新闻部向官方新闻部发起了挑战，为了让毕业祭特刊更加受到欢迎，部长森园立夏决定以魔法主题，前往调查“永不凋零的樱花树”的当晚，樱花树瞬间盛开了。
于此同时，一封内容奇怪、发件人不明的手机邮件，同时送到了官方新闻部的每一个成员的手机上，就这样，男主角芳乃清隆和五位少女开启了一段奇异而又温馨的故事。