警视厅本厅内，在警视总监、警视厅副总监（1人）的管理下，设有9个部门及分课。 企划课：东京都公安委员会室、警视总监秘书室、犯罪被害者支援室、厅舍管理室
文书课：情报公开中心
情报管理课
广报课：广报中心、警察音乐队
会计课：会计监查室、遗失物中心
用度课
装备课：装备开发运用中心、通信管理运用中心
施设课
留置管理课
健康管理本部 人事第一课
人事第二课：采用中心
讼务课
给与课
厚生课：职员相谈室
教养课：柔道指导室、剑道指导室、逮捕术指导室、射击指导室、翻译中心 交通总务课：交通安全指导所
都市交通对策课
交通执行课：白摩托训练所、交通管制中心
交通搜查课：交通反则通告所
交通规制课
交通管制课
运转免许本部
运转免许试验场（府中、鲛洲、江东）
交通机动队（10队） 骑马队（第三方面交通机动队所属） 高速公路交通警察队 警备第一课 特殊急袭部队（Special Assault Team，通称“SAT”，负责反恐和人质拯救的精锐部队，现编制有3队） 第1机动队 1st Mobile Unit（千代田区）
- 仪仗队
- 爆裂物处理班
- 铳器对策部队 第2机动队 2nd Mobile Unit（墨田区）
- 水难救助队
- 爆裂物处理班 第3机动队 3rd Mobile Unit（目黑区）
- 铳器对策部队
- 爆裂物处理班 第4机动队 4th Mobile Unit（立川市）
- 治安警备部队 第5机动队 5th Mobile Unit（新宿区市谷本村） 第6机动队 6th Mobile Unit（品川区）
- 铳器对策部队
- 爆裂物处理班 第7机动队 7th Mobile Unit（调布市）
- 山岳搜救队 Mountain Ranger Units ——负责处理山区搜救和高角度建筑物拯救工作
- 水难救助队 Water Rescue Unit 第8机动队 8th Mobile Unit（新宿区） 第9机动队 9th Mobile Unit（江东区）
- 水难救助队 Water Rescue Unit
- 铳器对策部队 特科车辆队（Special Vehicle Units）
- 爆裂物处理班 警备第二课 警察犬部队 灾害对策课 机动救助队 Mobile Rescue Units 灾害对策部队 Disaster Response Units 灾害重机部队 警卫课（皇族的警护，皇居、东宫御所周围的警备。注：皇居即东宫御所内的警备与皇族的警护由皇宫警察本部负责） 管理系：负责课内庶务工作 第1系：天皇和皇后的保护 第2系：皇太子的保护 第3系：其他皇族成员的保护 警护课（Security Police，通称"SP"，要人保护组） 管理系：负责课内庶务工作 总理大臣官邸警备队 第1系：专责保护首相 第2系：专责保护日本各位内阁大臣和参、众两议院议长 第3系：专责保护海外政要人物、各驻日大使等 第4系：专责保护东京都知事、前首相，以及其他特别保护行动的机动警备队 公安总务课（调查日本共产党、市民运动、反全球化运动、邪教团体。总务课的任务相当于业务系和公安管理系）
公安第一课（调查极左暴力集团）
公安第二课（调查劳动团体、极左的“日本革命共产主义者同盟革命马克思主义派”等）
公安第三课（调查右翼团体）
公安第四课（负责资料收集、统计与联系地方警察的工作）
外事第一课（调查第二课范围之外的地区，主要负责俄罗斯、东欧的间谍，以及从该地区非法出口战略物资的案件）
外事第二课（调查巴基斯坦以东的亚洲地区，主要负责中国、朝鲜等社会主义国家的间谍，以及从该地区非法出口战略物资的案件）
外事第三课（调查中东地区的间谍和国际恐怖活动）
公安机动搜查队- NBC恐怖活动搜查队 刑事总务课—犯罪搜查支援室
搜查一课1st Division：专责侦查严重案件，包括涉及杀人、抢劫、伤害、绑架、劫持人质、纵火、性犯罪等凶恶犯罪团伙没有参与的案件，也负责寻找与刑事案件相关的失踪者 第一强行犯搜查-强行犯调查第1系（课内业务），强行犯搜查第2系（调查本部设置、联络调整）、科学搜查系（负责科学搜查） 第二强行犯搜查-杀人犯搜查第1~4系（调查杀人、伤害事件） 第三强行犯搜查-杀人犯搜查第5~8系（调查杀人、伤害事件） 第四强行犯搜查-杀人犯搜查第9~12系（调查杀人、伤害事件） 第五强行犯搜查-特别搜查第1、2系（未解决事件的继续调查） 第六强行犯搜查-强盗犯搜查第1~6系（调查抢劫事件），性犯罪调查第1、2系（调查性犯罪） 第七强行犯搜查-火灾犯搜查第1、2系（调查纵火、失火事件） 第一特殊犯搜查-特殊犯搜查第1系（调查诱拐、劫持人质、飞机劫持事件），特殊犯搜查第2系（调查电话及文件有关的恐吓、威胁事件），特殊犯搜查3系（调查航空、铁路等公共交通重大事故，爆破事故，爆炸事件，产业灾害以及业务过失致死的事件） 第二特殊犯搜查- 特殊犯搜查第4系（特殊犯系的重要特殊事件） 特别搜查对策室-特别调查第1~4系（未解决事件的继续调查、强行犯系的特别调查，一般配备40多名调查人员） 搜查二课2nd Division：专责侦查智慧型罪案，例如诈骗、侵吞、制造假币、逃税漏税等商业罪行，以及公职人员的渎职、收受贿赂、选举舞弊等案件 智能犯资料系（课内业务），情报系（负责搜集情报） 选举第1~3系（调查选举舞弊事件、调查违反政治资金规正法的事件） 企业犯搜查第1、2系（调查企业犯罪）、企业犯捜査第3~6系（调查与金融企业有关的智能犯罪） 第1～6系（收受贿赂等重要智能型犯罪） 特别搜查第1～3系、特别搜查第4系（调查不动产侵夺、边界问题）、特别搜查第5～15系（调查诈骗案、制造假币案） 控诉受理室（控诉受理第1、2系） 财务解析中心（财务搜查第1~3系（调查财务解析）） 搜查三课3rd Division：专责侦查盗窃案件 第1系（课内业务）、第2系（作案方法资料）、第3系（调查汽车盗窃案、存折盗窃案） 第4~6系（调查盗窃）、第7系（调查扒手、团伙盗窃案） 搜查四课4th Division：专责侦查涉及暴力团体和有组织犯罪的案件（已于2003年撤销，改为新成立的组织犯罪对策第四课，见“组织犯罪对策部”）
搜查共助课（指名手配犯等）（注：“指名手配”为日语词汇，中文意为通缉）
鉴识课
科学搜查研究所
机动搜查队（3队） 生活安全总务课－生活安全相谈中心、跟踪犯对策室
生活经济课（调查经济犯罪）－金融犯罪对策室
生活环境课（枪炮刀剑类非法持有、调查危险物品）
保安课（调查风俗、非法就职、赌博）
少年育成课－少年中心（8所）
少年事件课
生活安全特别搜查队
高科技犯罪对策总合中心 组织犯罪对策总务课－毒品对策室
组织犯罪对策第一课（原公安部外事特别搜查队，主管国际组织犯罪）－非法居留对策室
组织犯罪对策第二课（原刑事部国际搜查课，负责国际犯罪事件和国际搜查共助）
组织犯罪对策第三课（原刑事部暴力团对策课）
组织犯罪对策第四课（原刑事部搜查第四课，负责组织集团犯罪）
组织犯罪对策第五课（原生活安全部药物铳器对策课，负责管理枪炮及药物类案件）
组织犯罪特别搜查队（原生活安全部国际组织犯罪特别搜查队，负责护照及信用卡伪造类案件） 警视厅警察学校是负责警视厅警察职员教育训练的机关，位于府中市，近邻警察厅警察大学校。
