第一集 死者已矣
Jenny自杀父亲的往事渐渐显露惊人的蛛丝马迹，而此时Tony也正式接触到Jeanne的神秘父亲，他的身份是大学教授Dinardo。小组成员通过卫星目睹了Tony的车爆炸……
第二集
士官Munoz在驾车赶往惊喜派对的路上发生车祸，另一辆车上的一位女子已经死亡。女子的同伴用猎枪杀害士官后夺走他的车。调查发现死者竟是一名诈骗惯犯Hendi Campisono，Ducky验尸发现她刚生了孩子。六人小分队开始紧张寻找这个新生的婴儿。
虽然又开始戏耍Mcgee和开着玩笑，Tony仍被对Jeanne的愧疚困扰着。
第三集 前尘往事
海军上尉Trent Reynolds死在陆军基地家中自己的电脑前，被一把鱼枪一箭穿心。Gibbs的陆军中校Mann再次出场。同时还有Gibbs第三任前妻出现~加上Jenny就是三军大战了！
Mcgee小朋友也遇见情敌了！
第四集 瞒天过海
Ducky正利用一具捐赠遗体进行解剖授课，直到他发现死者脑部存在水银，于是扣留了这具尸体进行调查。负责验尸的是Jordan Hampton医生。NCIS介入调查后发现这个看起来普通的死者竟被人为抹去了几乎全部的背景，案子牵扯出专门为恐怖分子制作假身份的大鱼。
NCIS不得不再次与FBI合作。是个挺曲折的案子。
第五集 Leap of Faith
一对偷情的男女发现一名海军士兵要跳楼。NCIS到场，查出他是五角大楼的情报员Michael Arnett上尉。Gibbs也爬上高楼尝试说服他，没想到他却在Gibbs眼前中枪坠楼身亡。调查发现上尉生前最后一个来电是NCIS打出。拉响内鬼追踪战！四只PUPPY各有自己的一套推测！有趣的地方：Abby被挖角的谣言四起演绎出各种版本，还有Mcgee的恐高，以及断背山、I LOVE U，Mcgee的小插曲（扑哧——Tony太坏了），Gibbs真是背后灵啊~
第六集 疑心生暗鬼
带有“尖端配置、顶级机密”的研究舰奇美拉号上一个日裔海军少校、海洋生物学家高田聪博士突然身亡。当小组到达船上的时候所有船员凭空消失了。有趣的地方：幽灵船历险记~SUPERNATURAL~海盗~
第七集 魂兮归来
一开场就是Tony从沉在海里到达车上拖出Gibbs这种惊险场面！回到二十四小时前，一位年轻的金发女孩Maddie Tyler——小时候与Kelly是好朋友——因为被一个疯狂的海军下士Rudi M Haas跟踪骚扰而求助于Gibbs。Maddie告诉Gibbs有关她与Kelly买下的时光胶囊，妻女的回忆再次笼罩Gibbs。大家都在担心Gibbs。
而Maddie在向Gibbs打完求救电话后，在他的眼皮底下被人拖上车带走了。当小组到达Haas可能藏匿的地方时，却发现他手脚被钉在电梯里，已经死去多时。
第八集 有心栽花
Kenneth Kirkland少将与他所搭乘的出租车的司机被人多抢射杀，Ducky验尸发现出租车司机才是凶手的目标。
第九集 似是有缘
童子军到NCIS参观，Abby介绍指纹扫描仪，随机抓了一个小男孩的手指头做了示范，可是没想到竟然搜到了配对，男孩曾经被绑架。大家发现这个男孩简直就是一个小DiNozzo。
第十集 自食其果
在医院接受PTSD治疗的Damon Werth下士袭击了勤务兵之后逃出了精神病院。调查之后六人小分队发现他被人用作了“超级战士”的实验小白鼠。
第十一集 非我族类
海军一等兵Abdul Bakr在参加完一个逊尼派清真寺礼拜之后被人在一条后巷枪杀。穆斯林不接受尸检，并且必须在死后二十四小时内下葬灵魂才能得到平静，所以Ducky采取了非常规的验尸方法。
第十二集 隔墙有眼
NCIS接到线报，被偷的海军雷达藏匿于一个仓库，为了揪出幕后黑手，小分队负责蹲守。Ziva对Tony进行恶作剧。但是，雷达在他们眼皮子底下再次被偷了，同时附近还发生了一宗凶杀案。
