《云黑斋的野心》是《蜡笔小新》的第三部剧场版。由日本漫画家臼井仪人创作的同名漫画改编的动画《蜡笔小新》的剧场版（电影版）系列。指东宝公司从1993开始每年发行一部电影版蜡笔小新故事。在原作者臼井仪人逝世后曾一度传言2009年为最后一部剧场版（后被澄清）按惯例每年4月份上映。未来人歇鲁跑到日本的战国时代改变了历史，时空巡逻队铃可发现了异状，正预备前往，没想到在时光隧道中遭受到攻击，不小心掉进二十世纪的小新家。铃可借由小白向野原一家求救，于是野原一家踏上时光之旅回到战国时代。遇见了吹雪丸的他们，与他一同前往云黑城，打倒化身为云黑斋改变历史的坏蛋歇鲁，没想到的是歇鲁居然躲过攻击，还逃到了二十世纪。原以为可以回到家乡的野原一家，回到二十世纪后，发现时代已经被改变了，又是歇鲁搞的鬼......
来自30世纪的未来，时空巡逻队员－铃可·丝诺丝多姆在时空空间巡逻时，发现战国时代时空发生异常。打算前往调查的铃可，却突然被数枚时空鱼雷袭击。为了保命，铃可随机迫降于任意时间点，而该时间点正好是“20世纪”，更刚好的是卡在小白狗屋旁的地下。
由于坠落导致时空驾驶舱系统失去作用，就连时空巡逻队总部也无法联络，仅剩迷你机和紧急道具能够使用，铃可急忙之下，附著在野原家宠物．小白身上，后向野原一家解释过去的战国时代所发生的危机，并希望三人能和她一同前往战国时代逮捕犯罪者。野原家三人穿上万能套装（时空装），进入紧急用的球体时光机（一次性），向16世纪的战国时代进行时空跳跃。
野原一家经过了一番折腾，终于到了战国时代，而所在地正是春日部城遗址。尚未整理好思绪时，从四面八方出现了带著单眼头巾的黑衣忍者向三人一狗袭来，所幸，被前来的神秘剑士搭救成功。剑士．吹雪丸向他们述说自己的身世－被烧毁的春日部城的后裔，而凶手正式云黑斋。吹雪丸叙述了春日家代代相传的古老传说－“当春日家（春日部城）遇到危急存亡之际，三个人和一只狗的勇士们将会出现，春日部仅存的一员将和勇士们同心协力，以守护刀第七沉沉丸一同打倒敌人。”根据传说，吹雪丸请求野原家和他合作，讨伐云黑斋。原本拒绝合作的野原一家，却因忍者们所美冴手上抢走了内有存折和印章的皮包，也因此不得不硬著头皮答应了吹雪丸。
在这之后，云黑斋的部下．剑士猫之进出现在了吹雪丸一行人面前，吹雪丸得知眼前的不速之客是杀母凶手后，理智断线，发了狂地乱砍，却反而陷入危机；所幸小新及时启用时空装的“紧急机能”解救了吹雪丸，也打败了猫之进。在那之后，另一神秘干部－黛安娜银出现，用她的妖术并将广志和美冴封印进了两颗小弹珠中，究竟小新、铃可（小白）、吹雪丸是否能如愿打倒黑云斋，救出雪乃和广志、美冴呢...?
