全国著名的劳动模范张根生来大连市做快速切削自动停车的技术表演，轰动了全市。在他即将离开这个城市的时候，接到大连造船厂寄来一封署名“小孩”的信，信上要求与他会晤。张去该厂查找，经过多次误会，终于找到发信人。原来，寄信人就是十五年前被张搭救的一个受资本家折磨的孩子，如今已是船厂某车间主任。
1959年初，吉林省委有关领导在长影小礼堂里，审查林农导演的《船厂追踪》完成片。吉林省委书记吴德和省委其他一些领导人在座。
《船厂追踪》放映之后，吴德赞扬了这部片子，又说：“今后还是可以生产一二部重大历史题材的影片的，像上海的《林则徐》，在全国放映很受观众喜爱。我们也可以搞一搞这样的片子嘛！……”
1959年的八九月，长影厂党委决定要拍《甲午风云》。支书吴必克通知林农说：“亚马（长影厂厂长）决定让你拍《甲午风云》了。 ”当时，林农并没有马上表示态度。他先是找到剧本看了一遍，然后，直接找厂长亚马，谈出个人的意见：“这个题材我实在难以掌控，没有历史认识，恐怕很难完成任务……”亚马回答他说：“你不拍谁拍呀，你先看看有关历史资料，熟悉熟悉情况。”其实，林农是有顾虑的。在头一年整党整风的时候，林农曾经莫名其妙地受到了留党察看二年、行政降一级的处分，理由是不配合形势，态度消极。对于拍摄新片、特别是驾驭历史题材，林农确实是从政治导向上心有余悸。
1960年年初，电影文学剧本即将完成之际，林农突然接到厂办通知，要剧组主创人员赶紧到省委去汇报《甲午风云》的筹备情况，省委领导都说这部影片对于反帝有现实意义。傅振声最后提了一点意见，他说剧本中慈禧坐船游颐和园一场可以去掉，因为毛主席曾说过，满清腐败，建立了海军也是不行，还不如留下一个颐和园，对于现在还有点用处……
回厂后，亚马指示：“赶快完稿，打印剧本，进入筹备，今年要拍完……”
1960年二三月份，《甲午风云》的剧本终于修改完稿，四五月间，正式开拍。这期间发生了几件事。
影片开拍不久，有人传话，说是传达厂党委的指示，对林农抗拒省委指示一事，开两天党支部大会，对林农进行批评教育。原来，省委领导明确指示不要慈禧出场，可在最后剧本定稿后，依然有慈禧的戏。虽然没有了游颐和园，但又加了上朝的戏，这是明显的阳奉阴违，这样做就是资产阶级的历史观。当时，林农急忙申辩：傅振声只是提出删掉慈禧游颐和园的戏，并没有说完全去掉慈禧这个人物；其二，慈禧仅有的一次出场，是揭露她的腐败无能向日本屈膝投降的场面，有着深刻的反面教育意义。怎么是资产阶级历史观呢？
会后，林农来到亚马的家里，反复申明自己的观点。亚马说：“好嘛，好嘛！对头！就按你的想法干……”
没想到，一波刚平，一波又起。
5月底6月初，内景的拍摄刚告一段落，一个周末的晚上，林农碰到了一位厂领导。这位领导说：“林农，我看邓世昌这个人物得搞成一个资产阶级革命家，他在美国留过学……”林农一听，忙说：“邓世昌没到美国留过学，他只到过德国，而且是去接受当时满清政府在德国订购的一只军舰。 ”领导很不以为然：“唔！我知道他留过学，你一定要搞成资产阶级革命家……”
林农很郁闷，但他转念一想，厂领导说话又不是权威，何况也没有下发正式文件。你说你的，我拍我的。
1960年6月底到7月初，大部分内景样片完成时，全组来看样片，林农特意请厂党委的领导也来审查一下。这一次，省里主抓文教的书记也来了。内景样片看完后，这位书记站起来，很不满意地说：“这要超过《林则徐》，够呛！ ”林农跑上前去问道：“书记，您还有什么具体意见没有？”书记一面走一面说道：“你的创作思想有问题！”林农更加不解。书记说：“你这里头就没看到渔民的戏……”林农解释说：“这是内景样片，表现渔民和打日本的戏，大都在外景，现在还没拍呢！ ”两人争论了几句，不欢而散。
第二天，摄制组大队人马拉到旅顺去拍外景，大约拍了十天左右，厂领导派人到外景地传达指示：一是历史是人民创造的，在戏中要突出人民的作用，具体地就是要在结尾时，加上渔民揭竿而起；二是邓世昌是资产阶级革命家，最后要同满清决裂。林农对这两点指示是不同意的，他的理由是：渔民揭竿而起，是不符合历史史实的，况且当时的渔民反对满清也是没力量的；其二，邓世昌不可能是资产阶级革命家，也不可能和满清做最后的决裂，没有资料记载邓世昌是反对满清的。
林农自始至终地坚持自己的观点，决不让步。这样僵持了两三天，当时，林农也考虑到自己的处境，如果再坚持下去，很可能引火烧身。果然，接着就开摄制组的党小组会，林农没再敢过于坚持己见。后来，林农召集李默然、庞学勤等主要演员，大家坐在一起出主意，想办法。在接下来的拍摄中共加了两场戏，一是在最后海战中，眼看北洋舰队就要失利的时候，邓世昌命令王国成下海游回威海去找李大爷，并说“要想打日本，靠朝廷不行了”；另一场就是邓世昌和日舰相撞后，王国成回到威海，由李大爷撞钟号召，渔民打起火把，从四面八方蜂拥而来，最后宣誓要抗日到底的场面作为结尾。
1963年年初，影片正式在全国公开放映。
