电影开篇，斑马城被一股邪恶势力所控制，居民们生活在恐惧与压迫之中。斑马人，作为斑马城的守护者，决定挺身而出，带领居民们展开一场反抗。斑马人不仅拥有超人的力量，还具备与斑马沟通的能力，这使得他成为了反抗军的核心力量。为了制定有效的反攻计划，斑马人深入敌后，与斑马们共同侦查敌情，搜集重要情报。
在反攻的过程中，斑马人及其队伍遭遇了各种艰难险阻。不仅有来自敌人的猛烈攻击，还有内部矛盾的困扰。然而，斑马人凭借坚定的信念和智慧，化解了一个又一个危机。他鼓励居民们团结一心，共同抵抗外敌，保卫家园。同时，他还积极与斑马们沟通，借助它们的力量，制定了一系列巧妙的战术，使得反攻行动取得了重大进展。
最终，经过一场惊心动魄的战斗，斑马人成功击败了邪恶势力，解救了斑马城的居民们。斑马城重新恢复了往日的宁静与和谐，居民们对斑马人充满了感激与敬意。斑马人也成为了斑马城的英雄，他的事迹被传颂千古，激励着后来的人们为了正义与和平而勇敢地奋斗。
总之，《斑马人2:斑马城的反攻》是一部充满激情与正义感的动作冒险电影。它展现了斑马人与居民们团结一心、共同抵抗外敌的英勇事迹，传递了正义终将战胜邪恶的信念。同时，电影也展示了人与动物之间的深厚情感与默契配合，让人感受到自然界的和谐与美好。
2025年，黑白都市斑马城，城内实行斑马时间之制，斑马女皇煽情的歌声挽飘荡于各处。
在已然面貌全非的东京街头，市川新市蓦地睁开了眼睛。
时间是早晨五点，警铃之声震耳欲聋，斑马时间到了！闪耀的斑马灯将整个都市变成了黑与白的世界。突然，斑马警察向新市射击，不明就里的新市仓皇逃出了黑白都市。他丝毫不明白自己为何会遭到追击，穷追不舍的斑马警察一枪射穿了新市的胸痛，他失去了意识。
五分钟后，斑马时间结束。朝阳升起，周遭的一切又恢复成看惯了的日常景象。一个一身白衣的男人出现带走了新市。新市被带到了斑马城外的白马之家。这里躲藏着一群被斑马城排除的人，他们过着自给自足的生活。这群人的领袖浅野看到新市后大吃一惊。原来，新市正是他十五年前失踪的小学班主任老师，也就是与外星人拼死大战拯救了地球的斑马人！老师！面对浅野的招呼，新市一片茫然，他完全失去了十五年间的记忆。为了养伤，新市在白马之家住了下来。
斑马女皇是斑马城的超级歌星，她的歌已经连续四十周在排行榜上占据了冠军的宝座。这位歌坛巨星其实就是都知市的女儿唯。唯野心勃勃，不仅想作为广告之塔称霸这座城市，还计划着征服整个世界。
侵略地球的外星人曾被唯的父亲秘密保存在研究所中，后来神秘失踪。唯准备找到外星人，让它再度在地球上引发混乱，然后自己出场变身成黑斑马将之打败，成为救世主，藉此进一步在全世界推行斑马时间。唯曾经一度在研究所中变身成功。当她和心腹手下新实得知外星人正藏匿于白马之家后，立刻展开了行动。
新市在白马之家认识了栽种黑白蝴蝶花的少女小堇。小堇一开始什么话都不说，后来渐渐地对新市敞开了心扉。不料，当新市触碰到她的时候，突然全身发抖，并很快升级成剧烈的痉挛，在身上浮现出斑马纹的时候，记忆复苏了。新市想起了自己是斑马人、自己被神秘的远心分离机封住记忆的场面，以及这个诡异世界的秘密。与此同时，受到感应，唯的身体也同步发生痉挛，并浮现斑马纹。外星人其实寄生在了堇身上，新市看着她，脑中响起一个声音：还没有结束，斑马人！此时，新实率领着斑马警察和机动队向白马之家发起了攻击。
一场关系到地球存亡的黑白之战拉开了序幕……