与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机……
《圣斗士星矢天界篇》是日本人气动画《圣斗士星矢》的第五部剧场版。制作相当精良。
电影一开始，斗马伊卡洛斯是在一个特殊的圣坛里，他在祈祷，之后马上收到了杀掉星矢的命令，于是他和另外两个天斗士奥德修斯以及特修斯离开那个圣坛，他们三人到达了一个湖边，星矢一脸茫然地坐在轮椅上。他们三个没有任何顾虑向星矢袭击，轮椅突然围绕在一片血红中……
但是之后他们发现他们无法伤害到星矢，他们不知道为什么会这样，突然他们看到星矢旁出现一个人影，是沙织。她拿着一些毛巾来替星矢擦拭。斗马马上意识到他们的攻击无效是因为沙织的缘故。三个天斗士命令沙织离开他，他们告诉她星矢因为惹恼了神所以要受到神的处罚。但是沙织拦在了星矢前面不让他们靠近。于是三个天斗士同时袭击雅典娜，但是女神强大的小宇宙让天斗士们无法伤害到她。这时候太阳坠落月亮升起，雅典娜意识到只有一个人能够让月亮迅速升起并掩盖太阳的光芒，她就是她的姐姐，月亮女神阿尔特弥斯。
阿尔特弥斯告诉雅典娜她的行为违背了神的意愿，她要处罚那些违抗神旨意的圣斗士们，阿尔特弥斯告诉雅典娜必须交出大地的控制权，雅典娜没有犹豫和害怕就答应了，阿尔特弥斯于是命令三个天斗士离开圣域，但是雅典娜告诉阿尔特弥斯，在交出大地控制权之前，阿尔特弥斯必须饶恕星矢和其他的圣斗士。阿尔特弥斯同意了，但是她告诉雅典娜，任何再次违背众神意志的人类将不会被原谅并且会受到严厉的惩罚。讲完这些，阿尔特弥斯消失了。
星矢依旧坐在他的轮椅上，他不能睁开眼睛，似乎他脑中只残留着冥界之战同哈迪斯的激烈战斗的回忆，哈迪斯的剑刺穿了他的胸膛。突然魔羚出现在他面前，他醒来站了起来。魔羚惊讶地在小湖的房子旁发现了星矢，因为在冥界篇之战后，没有人知道星矢和沙织的去向。魔羚在木屋的楼梯旁发现一个很小的铃铛，似乎是那三个天斗士留下的，魔羚小心地收藏了这个铃铛然后告诉星矢他必须马上回圣域，去寻找雅典娜，说完后她就离开了。星矢听了魔羚的话站起来向着圣域出发。
当他到达圣域的时候，他几乎不能相信自己所看到的，因为圣域完全变样了。可以看到许多水流淌在废墟的周围，那时星矢感到一个熟悉的影子在靠近她，是莎尔娜，她坐在一个废墟的屋顶，星矢问她到底发生了什么，雅典娜去了哪里，莎尔拉告诉他，他们已经毫无价值可言了，因为现在的圣域不属于雅典娜，月亮女神是主人。但是星矢不相信她的话，他说想要见其他圣斗士。莎尔拉语气很生硬地告诉他，这里已经没有任何雅典娜的圣斗士了。但是星矢仍然不相信，于是莎尔拉摆出战斗的姿势想杀了星矢，正当星矢准备回击的时候，邪武出现了，同时攻击他；市也出现了，同样向星矢袭来。他们三个人同时讥讽星矢，并告诉星矢，雅典娜已经离开了他们离开了地球，因为他们太可悲了。星矢仍然不相信他们的话，尽管他们的表情变了，他们和以前不同了，他们真的不再是雅典娜的圣斗士了吗？莎尔娜告诉星矢雅典娜正在释放自己的鲜血并且马上将会死去。星矢很困惑，问莎尔娜他们对雅典娜作了些什么，三个人回答他们什么都没有做。
莎尔娜把星矢带到了圣域的湖边隐匿起来，之后莎尔娜、 邪武和市就离开了。当他们走的时候谈到，或许星矢在圣域不是孤独的。此时此刻，雅典娜正在神殿的“赎罪之泉”释放她的鲜血，她要用她的生命来拯救人类，求得被人类惹恼的众神的原谅。
与此同时，星矢在圣域的某池边地上，他问自己身处何地，他认为莎尔拉一定有所目的把他放在这里。过了一会儿，他感到有人在几米处呼唤他，当他准备看个究竟的时候，发现自己的天马座圣衣，他正要去拿的时候，却发现圣衣排斥他，但是没过多久他才意识到不是圣衣排斥他，而是他的身体在排斥圣衣。星矢又穿上了圣衣。
在他走出去的路上发现紫龙倒在水中，冰河似乎在他要发曙光女神之宽恕的时候被冰住了，他们都不是奥德修斯的对手。奥德修斯告诉星矢特修斯之前对阿瞬说得同样的话，人类包括雅典娜和他的圣斗士都将被消灭。星矢对奥德修斯说，他的力量会开创奇迹，为了拯救人类他可以做任何事情。他说所有这一切都感谢他的小宇宙，当紫龙和冰河听到了他的讲话之后，他们再次爬起。冰河对星矢说，他们所谓的力量一直帮助他们击败迄今为止的所有敌人。之后他们三个人共同向奥德修斯袭去，奥德修斯轻易地打翻了他们三个，激斗中，星矢的圣衣解体了，但攻击依然无效，他们不放弃再次向奥德修斯袭去，一次又一次，终于打败了他，不过他们自己也倒下了。
与此同时，瞬身着圣衣出现了，他已经知道了所有发生的事情。瞬用他的锁链一步一步攀登在圣域的悬崖峭壁上，这时她突然感觉到背后出现了一个人影，是天斗士特修斯，特修斯抓住瞬用来攀登悬崖的锁链，告诉瞬他将以神的意志杀了瞬。
两人在一番对话之后，特修斯准备袭击瞬，瞬几乎毫无抵抗力地被特修斯抓住他正在攀登的锁链用力摔到了旁边的岩石上，那些岩石层层叠叠好像一棵大树，可是似乎有奇怪又熟悉的人影在上面？ 那些岩石居然都是黄金圣斗士脸的石像，穆在最上面，撒加和艾俄罗斯在最底下，在中间辨认出童虎、史昂和修罗，还有其他人。阿瞬看着这些石像惊呆了…… 一个很黑的类似监狱一样的地方，监狱周围被火焰一样的结界围绕，听到有两个神的声音，黄金圣斗士都身无遮盖且表情木然。两位神严厉地对诸位黄金圣斗士说他们将受到神灵的惩罚，因为他们曾经冒犯神灵，他们的灵魂将万劫不复地被封印。这时候，史昂和童虎开口说话了，他们说他们将永远是雅典娜的圣斗士，他们将永远为保卫女神而战。两位神告诉黄金他们永远都不能离开那个监禁的地方，他们将受到惩罚。
瞬被摔落的水池是围绕在黄金被封印的巨大石塔中的一座，瞬站起来继续对抗特修斯。瞬问特修斯雅典娜怎么了，特修斯告诉瞬，雅典娜正在为了拯救地球和人类而献出自己的生命。瞬责问特修斯他们对雅典娜作了什么，一边纵身跃起向特修斯袭去，但是特修斯轻易就打倒了他。这时一辉出现了，阿瞬像以往那样说道：哥哥……你来了……特修斯轻易地打倒了一辉，当特修斯看到被打倒在地的瞬和一辉挣扎地爬起来的时候，特修斯终于意识到为什么众神想要杀了他们。正在这个时候，黄金圣斗士所在的雕像血液附着石像流动，滴进了水里，使得一辉和瞬觉得很温暖。瞬和一辉顿时精神一振，再次爬起，同时向特修斯攻去，但是特修斯依然轻易地阻挡了他们的攻击。瞬高高跃起展开他的星云锁链，攻向特修斯，当特修斯准备躲避的时候，一辉出现在他背后，他们一起干掉了特修斯。史昂再次讲话了，他告诉阿瞬和一辉没有看错他们！把保护雅典娜的重任托付给他们这些青铜圣斗士是正确的！
星矢离开他们同奥德修斯战斗的地方，他感到他的身体正在排斥他，没有任何力量去战斗。过了不多久，他到了一个沙漠，在那里，他遇到了斗马伊卡洛斯，斗马是来杀他的，但是星矢根本无心恋战。就在斗马要杀了星矢的时候，魔羚出现了，她拿出了之前在河边捡到的铃铛，她告诉斗马她找寻佩戴这个铃铛的人很久了，但是斗马似乎根本不把魔羚放在眼里，他没有认出这其实是他的姐姐，斗马和以前不一样了，他不再是魔羚熟悉的那个弟弟，他现在效忠于月亮女神阿尔特密斯，他的目标是要变成一位强大的神。这就是为什么他要无视人类，无视自己的软弱无视自己的情感。他不把魔羚放在眼里向她袭去，魔羚企图防卫但是斗马的力量实在太强大，星矢也企图保护魔羚但是两人一起被斗马打倒在地。
斗马回到了最初我们在电影开头的那个地方，也许是天界圣坛，他同阿尔特弥斯交谈，阿尔特弥斯告诉他，他是唯一一个被选为作为他的斗士的人类。与此同时，星矢再次站了起来，去寻找沙织。女神惊讶地看到了星矢，告诉他非常抱歉再次让他卷入战争中。星矢坚定地告诉沙织她也不要再下同样的赌注，她不应该继续让自己的鲜血白白流淌。
“你为什么要为我这样做呢？”By 沙织
“因为我是你的圣斗士，我想要为你而战！”By 星矢
沙织神情变了，她走出赎罪之泉，说要杀了他。星矢不相信她说的，再次问她为什么要这样。雅典娜你真的要杀了星矢吗？？雅典娜召唤了月亮女神出现，并叫她把胜利女神杖给她，当月神把黄金杖给她时，雅典娜再次表现出要杀他的意思，并且问他是否接受，“是的！”星矢义无反顾地回答，因为他是为了女神而活的，他愿意为女神而死。雅典娜一把拿过黄金杖就朝星矢的胸膛打去，星矢浑身是血倒在了池中。紫龙和冰河感受到了星矢的小宇宙消失了，他们再次站起，朝女神的方向走去，一辉和阿瞬也同样这么做了。
沙织转身用清澈的眼睛看着月神，她不想回到众神所在的地方，奥林帕斯，她告诉月神她只希望神能够让人类自由地生存在这个地球上，不要成为神的奴隶，这就是她为此作战的原因，甚至同她的姐姐。阿尔特弥斯叹息了，她表情哀伤地接受了这个事实，然后准备要杀了沙织，举起她黄金弓箭准备射向雅典娜。雅典娜告诉她，使得人类变得这么强的是来自于同大自然其他事物抗争的结果，众神并不明白，因为他们只知道思考如何去控制其他人。
“神啊，你究竟是什么呢？” By 雅典娜
“神就是神，神的意志。” By 阿尔特弥斯
星矢再次站起来准备阻止阿尔特密斯杀雅典娜，正在此时，斗马突然出现了挡住了星矢同他作战，经过一番较量，星矢就要把斗马从悬崖上甩出去，这时候魔羚出现了，阻止了他，这个时候斗马的脑中闪过幼年的回忆，我们可以看到画面上出现了年幼的斗马依偎在魔羚身边发誓说要永远保护姐姐，魔羚非常抱歉地告诉斗马因为他没有尽到姐姐的责任，没有去寻找到他。这个时候斗马告诉魔羚，他现在终于明白了，是什么让人类变得如此强大。原来当初斗马要成为阿尔特弥斯的斗士是为了像神一样强大有能力去保护姐姐。阿尔特弥斯不想浪费更多时间，她举起弓箭射向雅典娜，这个时候斗马一下子冲到了雅典娜前，箭射入了斗马的胸膛，阿尔特弥斯终于感到了人类创造奇迹的那种力量，但是这个时候，另外一个身影出现了，他是太阳神阿波罗，他告诉阿尔特弥斯他对她很失望，因为她没能杀了雅典娜。他准备亲自动手杀了她。阿波罗一把想要抓住雅典娜，星矢上前阻挡，他将要面对的是强大的神，雅典娜告诉星矢他没有能力对抗他，但是星矢坚信他可以……
阿波罗燃烧了他巨大的小宇宙导致沙织和星矢的衣服都被烧掉。阿波罗告诉他们人类无法同神对抗，因为神灵是拥有最大力量的。雅典娜开始思考人类如果需要生存，是否只能为神服务，必须在他们的控制之下呢？星矢则不同意阿波罗的观点，把人类当作是奴隶的他这样的神人类不需要。
他不希望有神以这样的方式存在，即使是同阿波罗战斗他也在所不惜。 阿波罗攻击星矢，星矢把小宇宙提升到了最高点，星矢又穿上了天马座圣衣奋力一拳打向阿波罗，结果阿波罗的脸被星矢打伤，而星矢被击飞不知是死是活……
在阿波罗和星矢的战斗的最后两个镜头结束之后荧幕一片漆黑，荧幕上出现了一个问题：圣斗士的小宇宙可以战胜神吗？？
影片最后一幕是雅典娜与星矢重新相遇的画面，但都失去了记忆（应该是被阿波罗消除了两人的记忆，作为他们胆敢多次与神对抗的惩罚）。
圣斗士星矢天界篇