明朝中叶，宦官当权，兵部尚书于谦遭陷害入狱，满门抄斩，只剩下一儿一女被押送塞外龙门充军。东厂太监曹少钦（白鹰 饰）意欲斩草除根，派人截杀两个孩子，被于谦旧部朱骥阻拦。曹少钦又派心腹皮绍棠（苗天 饰）和毛宗宪（韩英杰 饰）赶到出关必经之地龙门客栈拦截。其时义士萧少镃（石隽 饰）也赶赴客栈与栈主会合商议搭救忠良之后，朱骥与其女扮男装的妹妹朱辉（上官灵凤 饰）也赶到客栈，三路人马碰头，怀着各自目的，试探彼此身份，很快变成一场混战，此时曹少钦也正飞速赶来龙门客栈，武功极高的他是义士们的最后宿敌……
《新龙门客栈》主要讲述了明朝中叶的天顺年间，东厂大太监曹少钦（甄子丹饰）将兵部尚书杨宇轩陷害致死，并以流放其儿女为饵，欲引出杨宇轩的部下周淮安（梁家辉饰），妄图将其旧部一网打尽。江湖侠女邱莫言（林青霞饰）受情郎周淮安之托，经过浴血厮杀，救出杨家儿女并相约在大漠边关的龙门客栈会合。
岂料乔装后的东厂三大档头带领众高手尾随而至。以经营黑店为生的老板娘金镶玉（张曼玉饰）风骚多情，对周淮安暗生情愫，可惜周淮安早已心属邱莫言。此时，曹少钦的大队人马正向龙门客栈杀来，店内又有东厂高手百般纠缠，加上大漠天气莫测，周淮安等人苦苦无法脱身，周淮安探知客栈内有一条出关密道。
为救杨氏遗孤，周淮安不惜以与金镶玉结婚为条件查出密道所在，并与邱莫言等人相约新婚之夜由密道逃离。岂料，曹少钦的大队人马已然杀到。万里黄沙之间，生、死、爱、恨交织之时，周淮安、邱莫言、金镶玉三人众志成城，联手将恶徒诛杀，邱莫言却也因此牺牲。周淮安决意远离中原，金镶玉一把火将客栈烧毁，追随周淮安而去。
《新龙门客栈》的相关评价：
《新龙门客栈》由徐克监制，李惠民、程小东联合执导，汇集了梁家辉、林青霞、张曼玉、甄子丹等明星，是香港新武侠电影的翘楚之作。金镶玉露着大腿坐在屋顶上高歌、厨师鞑子将东厂公公的小腿剔得只剩下白骨等，这些场景令众多影迷难以忘怀，仿佛“看到华语武侠片最美好的时光”。
《新龙门客栈》将巅峰时期港式武侠片的优点发挥到淋漓：大漠黄沙，高手云集，狭窄空间，斗智斗勇，儿女情长，千秋家国——武侠片的经典符号都被放大到极致。“人说乱世莫诉儿女情，其实乱世儿女情更深。”徐克一句对江湖自省的对白，已将《新龙门客栈》的儿女情长植入到每个人的心中。
徐克表示江湖无处不在，家里面也有江湖。龙门客栈作为江湖梦开始的载体，让邱莫言、周淮安、金镶玉这段传奇故事永世流传。在电影市场越发工业化、流水线作业的年代，情怀不再是电影人追求的终极目标。但《新龙门客栈》却将情怀流传，其新派武侠巅峰的地位，继续让众人高山仰止。