先讲的是萌骑士团自从与闍黑大战之后失踪的半年，陨石突然飞向萌学园，创立了慧星小组。后来彗星小组却发现萌骑士队长艾瑞克竟随著陨石掉落到萌学。同时，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地。然后欧趴掉落在清洁溜溜公司内的存幅室。炎之星爓王掉落地球……而他们失去了萌骑士的身份。
萌学园的人想方设法去帮萌骑士恢复史卷使。……（最后他们在陶喜儿的帮助下恢复了）后萌学园继续恢复教学，毕程所愿是校长。
刚刚平复的萌骑士风波又再起，极光族又出问题。黑魔王想得到极光福能，接着收买了杰西，后来收买了帝蒂卡。但后来被大家揭穿黑魔王原来是毕程所愿！达诺答应与黑魔王合作，打开极光史记发现玛雅为极光之钥、奈亚为夸克之钥、蜜诺娃是精灵之钥。最后在极光之地决战。（当然，在这期间欧趴成为十之星，谜亚星是智之星）决战后玛雅、杰西、达诺和黑魔王失踪，极光之地消失。
阴森女公爵复活，并自称阴森女王。她用枯叶印记控制玛雅、杰西。后来阿法被发现是暗黑族的。阴森女公爵（不，是阴森女王）占领夸特诺基地。……大家想抢回夸特诺基地，而大家不敌阴森攻击全中枯叶印记而成俘虏，月之星在期间诞生，是潼恩！潼恩和艾瑞克逃回萌学园。
月之星能量能消除枯叶印记。…………后来炎之星（爓王）诞生。之后阴森女王抢回预言之书，反噬镜。谜亚星、爓王、潼恩、艾瑞克相继被抓进反噬镜。在反噬镜中的世界变成了未来世界，萌学园一而再的不断对决，阴森深觉疲累突然间开始话当年，透露出不想一再轮回复活。
………………
最后萌学园讨论出作战计划，决定主动出击！所有萌生也有志一同加入战斗。阴森终于复活了！并把阿珐及所有闇黑小兵全部从监狱释放，正式与萌学园宣战。萌骑士向阴森提议和平共处，被阴森驳斥并抓走欧趴，声东击西、调虎离山将萌骑士耍得团团转，顺利掌控萌学园，并获取五星能量。未料，萌骑士透过阴森体内的五星能量进行净化，也运用欺敌术骗过闇黑小兵将之俘虏…最后一次的正邪之战，终于换来地球永恒的和平。
