昆仑之虚，掩于山海之中，滋养了无数生灵。这里的昆仑医馆医术精湛，但却有一种病千百年来无药可医——黑灵。医师白泽致力对抗黑灵，却自以为是毁了整个大岛，被逐出医馆。七年后，白泽的医术突飞猛进却受人白眼无法行医，想借医馆选举一雪前耻，却在阴差阳错之下，与自卑的麒麟男孩羿一起踏上了荒芜的大岛，进行一场救赎之旅。黑灵爆发危机在即，他们能否解开黑灵背后的秘密，拯救万物天地，又是否能点亮昆仑众生心中的那束光？
在昆仑神界，白泽（刘琮 配）与麒麟（陶典 配）共同守护天下苍生。然而，白泽因为拥有预知未来的能力，备受世间之苦。麒麟心系白泽，想方设法寻找治愈白泽的方法。昆仑神界安好后，白泽来到人界，寻找解除自己诅咒的方法。但在接触人类后，白泽发现自身诅咒反而加深，原本无色的本体也变成了黑色。原来，人类的贪婪、自私等负面情绪都加重了“黑蚀”，是他们导致了自身的悲剧。之后，白泽与麒麟再次进入人界。经历一连串事情后，人类不再自私。就在一切转好时，大妖风御突然现身……
这部电影通过动画的形式，展示了人与神、人与人、神与神之间的冲突和矛盾，以及最终化解冲突和矛盾的过程。电影中的人物形象、场景设计、音乐配乐等都表现出了中国文化的特色和风格。电影探索了人类与神灵之间的关系，以及如何通过理解和尊重彼此来达到和谐共处。同时，电影也强调了人类的责任和担当，以及真正的勇气和正义。
总的来说，《山海经之再见怪兽》通过生动的故事和形象的展现，向观众传递了关于人性、神性、和谐、勇气和责任等重要的主题。