在科技高度发达的未来世界，繁华堕落的马杜克市，醉生梦死，纸醉金迷。受万千宠爱、养尊处优的美丽少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音），虽然从赌场经营者榭尔（中井和哉 配音）那里得到一切，但却抑制不住想要探寻自己真实身份的渴望。她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的救助，并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下，拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手，揭露榭尔一系列的罪行。对她来说，这不啻为一次凶险的旅程…… &n
《壳中少女》是一部充满悬疑与科幻元素的动画作品，讲述了在不久的未来，人类通过一种名为“脑装置”的技术实现了与电子世界的无缝连接。然而，这种技术也带来了一种名为“露之使”的副作用，使一些人类变成了只有思想而无实体的存在。故事的主人公是名为“露”的少女，她就是在这种背景下诞生的存在。
露原本是一个普通的女孩，但在一次意外中，她的身体被摧毁，只剩下大脑被保存在一个名为“壳”的装置中。在这个新的存在状态下，露开始了一段充满挑战和冒险的旅程。她试图寻找自己失去的身体，同时揭露隐藏在“脑装置”背后的秘密。在这个过程中，露遇到了各种各样的人物，他们或许是她的朋友，或许是她的敌人，但都与她有着千丝万缕的联系。
随着故事的深入，露逐渐发现了隐藏在“露之使”背后的真相。原来，这个技术并非为了人类的福祉而开发，而是有着更为复杂的背景和目的。露和她的伙伴们开始了一场对抗邪恶势力的战斗，他们不仅要面对来自外部的敌人，还要面对自己内心的挣扎和困惑。在这个过程中，露逐渐成长，从一个无助的少女变成了一个勇敢、智慧、坚定的战士。
最终，露和她的伙伴们成功揭露了隐藏在“脑装置”背后的真相，并找到了恢复露身体的方法。在这个过程中，他们不仅拯救了露，也拯救了那些受到“露之使”影响的人们。故事以露重新获得身体、与伙伴们告别、继续她的冒险之旅作为结尾，留给观众无尽的遐想。
《壳中少女》的剧情紧凑、扣人心弦，充满了对未来的想象和对人性的探讨。它不仅仅是一部科幻动画，更是一部关于成长、勇气、友谊和爱的故事。通过露的冒险旅程，观众可以思考人类在科技面前的渺小与伟大、在困境中的挣扎与坚持、以及在追求真理和正义过程中的不易与坚定。