刚搬家到红色房馆村的主人公玛丽，在森林里发现了7年盛开一次的不可思议的花“魔女之花”。那种花居然是过去魔女的国度被盗走的禁断的“魔女之花”。得到了只能使用一晚的不可思议力量的玛丽，被耸立在云海之上的魔法世界最高学府“安铎大学”录取了。玛丽到达后，说出的仅仅一个谎言，引起了不久后发生的波及到自己最重要的人的大事件。
追求魔女之花的校长、进行着奇妙实验的D博士、与谜团众多的红发魔女、少年彼得的相遇。然后……
玛丽为了逃出魔女之国而得到了“咒语的神髓”，打算终结一切的魔法。但是就在那时，玛丽很快就要失去全部的力量了。即将被解开的“魔女之花”的真相。留下来给玛丽的只有一把扫帚和小小的约定。在魔法横溢的世界中，玛丽只是一个无力的人类，孕育在黑暗之中的希望到底是什么。
玛丽相遇了——震惊和欢喜、过去和命运，然后她用自己小小的勇气，震撼了每一代人的心灵。
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尽管电影改编自英国作家玛丽·史都华的儿童小说《小扫帚》，对吉卜力工作室洋洋洒洒几十部作品都能做到如数家珍的资深影迷，还是不难从影片中识别出《魔女宅急便》、《天空之城》、《千与千寻》等作品的影子。与上述作品一样，
《玛丽与魔女之花》的叙事策略和绘画风格，既明显地不同于好莱坞动画电影，又明显地缺乏日本本土风物特色——《玛丽与魔女之花》中的世俗生活场景，也即是玛丽暑假所寓居的乡下，是典型的英伦乡间建筑风格和山野风光；玛丽的红头发外形，也显然不是东亚人的体貌，倒让人想到瑞典儿童文学作品里的长袜子皮皮。
小女孩玛丽到乡下阿姨家过暑假，被小黑猫所引领进入森林，误拾紫色花朵并进入隐秘的魔法学校，进而卷入魔法学校不可告人的秘密中。这一情节所涉及到的人物关系、场景关系，在类似的儿童魔幻文学作品里屡见不鲜。绝对意义上的亦步亦趋，除非是原封不动的翻拍，因而《玛丽与魔女之花》的叙事，仍然有其独特性，也仍然可以吸引到观众，但并不具备与众不同和激动人心的“魔法”。