在游戏开始时，奎托斯被命运三女神判处死刑，但他通过击败死神塔尔塔罗斯逃脱了命运。随后，奎托斯开始了他的复仇之旅，他首先前往了奥林匹斯山，挑战并击败了智慧女神雅典娜。雅典娜的败北使奎托斯得以解除身上的诅咒，并获得了新的力量。
接下来，奎托斯继续他的复仇之路，他前往了冥界，挑战了冥王哈迪斯。在冥界中，奎托斯与众多亡灵战士进行了激战，并最终击败了哈迪斯，解救了自己的兄弟德莫斯。德莫斯的复活使奎托斯更加坚定了自己的复仇信念。
最后，奎托斯返回了奥林匹斯山，挑战了众神之王宙斯。在这场决战中，奎托斯凭借自己的勇气和智慧，成功击败了宙斯，为自己洗清了罪名，并实现了复仇的目标。然而，在战斗结束后，奎托斯意识到自己的行为已经导致了奥林匹斯山的崩溃，他必须承担起拯救世界的责任。于是，奎托斯将自己的力量注入大地，稳定了奥林匹斯山，并成为了新的守护神。
总的来说，《战神：斯巴达之魂》的故事情节紧凑而引人入胜，玩家需要跟随奎托斯的脚步，经历一场充满挑战和冒险的复仇之旅。在这个过程中，玩家不仅可以体验到激烈的战斗和精美的画面，还可以深入了解希腊神话的背景和故事。同时，游戏的剧情也充满了转折和高潮，让玩家在游戏中能够感受到强烈的情感共鸣。
取代阿瑞斯成为新战神后，奎托斯却总被海上之城亚特兰蒂斯的某种幻想所牵引。奎托斯决定不理会雅典娜的劝告去亚特兰蒂斯一探究竟。在那里奎托斯看到了他母亲，并知道了他的身世和被认为早已死去的弟弟戴莫斯的线索。可是他母亲受到了不能说出秘密的诅咒变成了怪物，奎托斯被迫杀死她，此时奎托斯悲愤到极点，一定要找到最后的亲人。
奎托斯遵从母亲的遗言回到故乡斯巴达并回想起关于童年和弟弟的遭遇。原来很久以前，奥林匹斯诸神获知将来会有一名“身上带印记的战士”操控奥林匹斯的命运，为此众神四处寻找这名“战士”。不巧奎托斯的弟弟戴莫斯身上有极明显的胎记，于是某天尚处少年时期的奎托斯正和戴莫斯训练时，战神阿瑞斯和女神雅典娜把被认为是“印记战士”的弟弟戴莫斯掳走，奎托斯解救弟弟不成反而导致右眼负伤。后来阿瑞斯将戴莫斯送进地狱深渊。而奎托斯为了纪念弟弟，全身涂上类似弟弟的印记（正好暗合预言）。这也是奎托斯现在右眼留有伤疤，全身涂有红色条纹印记的由来。
后来奎托斯费劲力气在地狱深渊找到了弟弟，但并不顺利，因为这正是死神的领地。经过一番争斗，兄弟二人终于相认并合力干掉了死神，但弟弟却战死了。最终，雅典娜决定解除奎托斯的梦魇，但奎托斯拒绝了，经过众神无数次的背叛后，奎托斯决定要让众神为此付出代价。
在最后，埋尸体的老人说了一句：还有一人……画面转到坐在战神宝座上的奎托斯。
这时，天空中响起了一声巨雷
